Depmap 工具

配置文件：remote_tools/depmap_tools.json 工具类型：远程 工具数量：1

此页面包含在 depmap_tools.json 配置文件中定义的所有工具。

可用工具

**compute_depmap24q2_gene_correlations**（类型：远程工具）

分析来自DepMap CRISPR基因敲除筛选数据的基因间相关性。该工具用于验证g…

compute_depmap24q2_gene_correlations 工具规格说明

工具信息：

  • 名称：compute_depmap24q2_gene_correlations

  • 类型：RemoteTool

  • 描述：分析来自DepMap CRISPR敲除筛选数据的基因-基因相关性。本工具使用DepMap 24Q2数据集中1,320多个癌细胞系的实证细胞活力数据验证基因交互作用。它能够判断两个基因的敲除效应是否相关，从而提供关于基因依赖性和合成致死关系的见解。

参数：

  • ``gene_a``（字符串）（必填）用于相关性分析的第一个基因符号（例如：’BRAF’、’TP53’）。必须使用标准的HUGO基因命名法。

  • ``gene_b``（字符串）（必填）用于相关性分析的第二个基因符号（例如：’MAPK1’、’MDM2’）。必须使用标准的HUGO基因命名法。

  • data_dir (string) (optional) Path to directory containing DepMap correlation matrices. If None, uses DEPMAP_DATA_PATH/depmap_24q2.

示例用法：

query = {
    "name": "compute_depmap24q2_gene_correlations",
    "arguments": {
        "gene_a": "example_value",
        "gene_b": "example_value"
    }
}
result = tu.run(query)