Pubtator 工具

配置文件：pubtator_tools.json 工具类型：本地 工具数量：2

此页面包含在 pubtator_tools.json 配置文件中定义的所有工具。

可用工具

**PubTator3_EntityAutocomplete**（类型：PubTator工具）

提供与部分生物医学术语最佳匹配的标准化 PubTator ID 建议…

PubTator3_实体自动完成工具规范

工具信息：

  • 名称：PubTator3_EntityAutocomplete

  • 类型：PubTatorTool

  • 描述：提供与部分生物医学术语（基因、疾病、化学物质或变异）最匹配的标准化 PubTator ID 的建议。首先使用此工具将自由文本名称转换为其他 PubTator API 所需的稳定 @ID。

参数：

  • ``text``（字符串）（必填）您要查询的生物医学概念的几个字符或完整名称（例如：“BRAF V6”）。

  • entity_type (string) (optional) Optional filter to restrict suggestions to a single category such as GENE, DISEASE, CHEMICAL, or VARIANT.

  • max_results (integer) (optional) Maximum number of suggestions to return (1 - 50, default = 10).

示例用法：

query = {
    "name": "PubTator3_EntityAutocomplete",
    "arguments": {
        "text": "example_value"
    }
}
result = tu.run(query)

**PubTator3_LiteratureSearch**（类型：PubTator工具）

查找与关键词、PubTator实体ID（例如“@GENE_BRAF”）或实体匹配的PubMed文章…

PubTator3_LiteratureSearch 工具规格

工具信息：

  • 名称: PubTator3_LiteratureSearch

  • 类型：PubTatorTool

  • 描述：查找与关键词、PubTator实体ID（例如“@GENE_BRAF”）或实体与实体关系表达式（例如“relations:treat|@CHEMICAL_Doxorubicin|@DISEASE_Neoplasms”）匹配的PubMed文章。

参数：

  • ``query``（字符串）（必填）您想要搜索的内容。可以是普通关键词、单个 PubTator ID，或上述显示的特殊关系语法。

  • page (integer) (optional) Zero-based results page (optional; default = 0).

  • page_size (integer) (optional) How many PMIDs to return per page (optional; default = 10; note: the PubTator3 API always returns 10 per page regardless of this value).

  • limit (integer) (optional) Maximum number of results to return (applied client-side). The PubTator3 API returns 10 results per page; this parameter truncates the results to the requested count.

示例用法：

query = {
    "name": "PubTator3_LiteratureSearch",
    "arguments": {
        "query": "example_value"
    }
}
result = tu.run(query)