Hpa 工具¶
Configuration File: hpa_tools.json
Tool Type: Local
Tools Count: 14
本页面包含 hpa_tools.json 配置文件中定义的所有工具。
可用工具¶
HPA_generic_search (Type: HPASearchTool)¶
Generic search tool for Human Protein Atlas. Allows custom search queries and retrieval of specif…
HPA_generic_search tool specification
工具信息：
Name:
HPA_generic_searchType:
HPASearchToolDescription: Generic search tool for Human Protein Atlas. Allows custom search queries and retrieval of specific columns.
参数：
search_query(string) (required) Search term for the querycolumns(string) (optional) Comma-separated list of columns to retrieve. Defaults to ‘g,gs,gd’. Common options: ‘g’ (Gene), ‘gs’ (Synonym), ‘e’ (Ensembl), ‘u’ (UniProt), ‘pe’ (Protein existence), ‘s’ (Subcellular location), ‘scml’ (Main location), ‘scal’ (Addl location), ‘rnat’ (RNA tissue specificity), ‘rnatsm’ (RNA tissue nTPM), ‘rnablm’ (RNA blood nTPM), ‘rnascm’ (RNA single cell nTPM).format(string) (optional) Response format (json or tsv). Defaults to ‘json’.
示例用法：
query = {
"name": "HPA_generic_search",
"arguments": {
"search_query": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**HPA_get_biological_processes_by_gene**（类型：HPAGetBiologicalProcessTool）¶
获取基因的生物过程信息，特别关注诸如细胞凋亡等关键过程…
HPA_get_biological_processes_by_gene 工具规格说明
工具信息：
名称：
HPA_get_biological_processes_by_gene类型：
HPAGetBiologicalProcessTool描述：获取基因的生物学过程信息，重点关注诸如细胞凋亡、细胞周期等关键过程。
参数：
``gene_name``（字符串）（必填项）基因名称或基因符号，例如：’TP53’、’CDK1’、’CASP3’ 等。
filter_processes(boolean) (required) Whether to filter and focus on specific biological processes (apoptosis, cell cycle, transcription regulation, etc.), defaults to true.
示例用法：
query = {
"name": "HPA_get_biological_processes_by_gene",
"arguments": {
"gene_name": "example_value",
"filter_processes": true
}
}
result = tu.run(query)
**HPA_get_cancer_prognostics_by_gene**（类型：HPAGetCancerPrognosticsTool）¶
检索特定基因在多种癌症类型中的预后价值，指明其表达水平是否与患者的生存率相关。
HPA_get_cancer_prognostics_by_gene 工具规范
工具信息：
名称:
HPA_get_cancer_prognostics_by_gene类型:
HPAGetCancerPrognosticsTool描述：检索某基因在多种癌症类型中的预后价值，指示其表达水平是否与患者生存结果相关联。
参数：
``ensembl_id``（字符串）（必填）要检查的基因的 Ensembl 基因 ID，例如：TP53 的 ‘ENSG00000141510’，BRCA1 的 ‘ENSG00000012048’。
示例用法：
query = {
"name": "HPA_get_cancer_prognostics_by_gene",
"arguments": {
"ensembl_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**HPA_get_comparative_expression_by_gene_and_cellline**（类型：HPAGetComparativeExpressionTool）¶
比较特定细胞系与健康组织中某基因的表达水平差异。
HPA_get_comparative_expression_by_gene_and_cellline 工具规范
工具信息：
名称:
HPA_get_comparative_expression_by_gene_and_cellline类型:
HPAGetComparativeExpressionTool描述：使用基因名称和细胞系名称比较特定细胞系与健康组织之间的基因表达水平差异。
参数：
``gene_name``（字符串）（必填）基因名称或基因符号，例如：’TP53’、’BRCA1’、’EGFR’ 等。
``cell_line``（字符串）（必填）细胞系名称，支持的细胞系包括：ishikawa、hela、mcf7、a549、hepg2、jurkat、pc3、rh30、siha、u251。
示例用法：
query = {
"name": "HPA_get_comparative_expression_by_gene_and_cellline",
"arguments": {
"gene_name": "example_value",
"cell_line": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**HPA_get_comprehensive_gene_details_by_ensembl_id**（类型：HPAGetGenePageDetailsTool）¶
使用Ensembl基因ID从基因页面获取详细的深入信息，包括图片URL、抗体…
HPA_get_comprehensive_gene_details_by_ensembl_id 工具规格说明
工具信息：
名称：
HPA_get_comprehensive_gene_details_by_ensembl_id类型：
HPAGetGenePageDetailsTool描述：通过Ensembl基因ID从基因页面获取详细的深入信息，包括图像URL、抗体数据、蛋白质表达及综合信息。这是检索所有图像（组织免疫组化、亚细胞免疫荧光）的核心工具。
参数：
``ensembl_id``（字符串）（必填）Ensembl基因ID，例如 ‘ENSG00000064787’（BCAS1）、’ENSG00000141510’（TP53）等。通常通过HPA_search_genes_by_query工具获取。
include_images(boolean) (required) Whether to include image URL information (immunofluorescence, cell line images, etc.), defaults to true.include_antibodies(boolean) (required) Whether to include detailed antibody information (validation status, Western blot data, etc.), defaults to true.include_expression(boolean) (required) Whether to include detailed expression data (tissue specificity, subcellular localization, etc.), defaults to true.
示例用法：
query = {
"name": "HPA_get_comprehensive_gene_details_by_ensembl_id",
"arguments": {
"ensembl_id": "example_value",
"include_images": true,
"include_antibodies": true,
"include_expression": true
}
}
result = tu.run(query)
**HPA_get_contextual_biological_process_analysis**（类型：HPAGetContextualBiologicalProcessTool）¶
通过整合特定组织或细胞系的背景，分析基因的生物过程…
HPA_get_contextual_biological_process_analysis 工具规格说明
工具信息：
名称：
HPA_get_contextual_biological_process_analysis类型：
HPAGetContextualBiologicalProcessTool描述：通过将功能注释与表达数据整合，分析基因在特定组织或细胞系中的生物过程，以确定其功能相关性。
参数：
``gene_name``（字符串）（必填）基因名称或符号，例如 ‘TP53’、’EGFR’、’BRCA1’。
``context_name``（字符串）（必填）用于提供上下文的组织或细胞系名称，例如，‘brain’、‘liver’、‘hela’、‘mcf7’。
示例用法：
query = {
"name": "HPA_get_contextual_biological_process_analysis",
"arguments": {
"gene_name": "example_value",
"context_name": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**HPA_get_disease_expression_by_gene_tissue_disease**（类型：HPAGetDiseaseExpressionTool）¶
比较特定疾病状态与健康状态下基因的表达水平，使用基因…
HPA_get_disease_expression_by_gene_tissue_disease 工具规格说明
工具信息：
名称：
HPA_get_disease_expression_by_gene_tissue_disease类型：
HPAGetDiseaseExpressionTool描述：使用基因名称、组织类型和疾病名称比较特定疾病状态与健康状态下基因的表达水平。
参数：
``gene_name``（字符串）（必填）基因名称或基因符号，例如 ‘TP53’、’BRCA1’、’KRAS’ 等。
tissue_type(string) (required) Tissue type, e.g., ‘brain’, ‘breast’, ‘colon’, ‘lung’, etc., optional parameter.``disease_name``（字符串）（必填）疾病名称，支持的疾病包括：脑癌、乳腺癌、结肠癌、肺癌、肝癌、前列腺癌、肾癌、胰腺癌、胃癌、卵巢癌。
示例用法：
query = {
"name": "HPA_get_disease_expression_by_gene_tissue_disease",
"arguments": {
"gene_name": "example_value",
"tissue_type": "example_value",
"disease_name": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**HPA_get_gene_basic_info_by_ensembl_id**（类型：HPAGetGeneJSONTool）¶
使用 Ensembl 基因 ID 从人类蛋白质图谱获取基因基本信息和表达数据。 En…
HPA_get_gene_basic_info_by_ensembl_id 工具规格说明
工具信息：
名称：
HPA_get_gene_basic_info_by_ensembl_id类型：
HPAGetGeneJSONTool描述：通过Ensembl基因ID从人类蛋白质图谱获取基因基本信息和表达数据。增强版现采用高效的JSON接口。
参数：
``ensembl_id``（字符串）（必填）Ensembl基因ID，例如 ‘ENSG00000134057’、’ENSG00000141510’ 等。
示例用法：
query = {
"name": "HPA_get_gene_basic_info_by_ensembl_id",
"arguments": {
"ensembl_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**HPA_get_gene_tsv_data_by_ensembl_id**（类型：HPAGetGeneXMLTool）¶
使用Ensembl基因ID从人类蛋白质图谱获取详细的基因数据，格式为TSV（向后兼容）…
HPA_get_gene_tsv_data_by_ensembl_id 工具规格说明
工具信息：
名称：
HPA_get_gene_tsv_data_by_ensembl_id类型：
HPAGetGeneXMLTool描述：使用Ensembl基因ID（向后兼容工具）从人类蛋白质图谱获取详细的基因数据，格式为TSV。
参数：
``ensembl_id``（字符串）（必填）Ensembl基因ID，例如 ‘ENSG00000134057’、’ENSG00000141510’ 等。
示例用法：
query = {
"name": "HPA_get_gene_tsv_data_by_ensembl_id",
"arguments": {
"ensembl_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**HPA_get_protein_interactions_by_gene**（类型：HPAGetProteinInteractionsTool）¶
从人类蛋白质图谱数据库获取指定基因的已知蛋白质相互作用伙伴。
HPA_get_protein_interactions_by_gene 工具规格说明
工具信息：
名称：
HPA_get_protein_interactions_by_gene类型：
HPAGetProteinInteractionsTool描述：从人类蛋白质图谱数据库获取指定基因的已知蛋白质-蛋白质相互作用伙伴。
参数：
``gene_name``（字符串）（必填）官方基因符号，例如 ‘EGFR’、’TP53’、’BRCA1’ 等。
示例用法：
query = {
"name": "HPA_get_protein_interactions_by_gene",
"arguments": {
"gene_name": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**HPA_get_rna_expression_by_source**（类型：HPAGetRnaExpressionBySourceTool）¶
使用优化列获取特定生物来源中基因的RNA表达水平（nTPM）…
HPA_get_rna_expression_by_source 工具规格说明
工具信息：
名称：
HPA_get_rna_expression_by_source类型：
HPAGetRnaExpressionBySourceTool描述：使用优化的 columns 参数获取特定生物来源中基因的 RNA 表达水平（nTPM）。支持组织、血液、大脑和单细胞等来源类型，提供全面的来源映射。
参数：
``gene_name``（字符串）（必填）基因名称或基因符号，例如 ‘GFAP’、’TP53’、’BRCA1’ 等。
``source_type``（字符串）（必填）生物来源的类型。可选值包括：‘tissue’（组织）、‘blood’（血液）、‘brain’（大脑）、‘single_cell’（单细胞）。
``source_name``（字符串）（必填）生物来源的具体名称，例如“liver”、“heart_muscle”、“t_cell”、“hepatocytes”、“cerebellum”。必须是综合HPA列映射中的有效名称。
示例用法：
query = {
"name": "HPA_get_rna_expression_by_source",
"arguments": {
"gene_name": "example_value",
"source_type": "example_value",
"source_name": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**HPA_get_rna_expression_in_specific_tissues**（类型：HPAGetRnaExpressionByTissueTool）¶
查询一个或多个用户指定组织中特定基因的RNA表达水平（nTPM）…
HPA_get_rna_expression_in_specific_tissues 工具规格说明
工具信息：
名称：
HPA_get_rna_expression_in_specific_tissues类型：
HPAGetRnaExpressionByTissueTool描述：查询特定基因在一个或多个用户指定组织中的RNA表达水平（nTPM），实现精确的组织匹配。
参数：
``ensembl_id``（字符串）（必填）基因的Ensembl基因ID，例如，TP53的ID为“ENSG00000141510”。
``tissue_names``（数组）（必填）查询的组织名称列表，例如 [‘brain’, ‘liver’, ‘heart muscle’, ‘kidney’]。支持不区分大小写的匹配。
示例用法：
query = {
"name": "HPA_get_rna_expression_in_specific_tissues",
"arguments": {
"ensembl_id": "example_value",
"tissue_names": ["item1", "item2"]
}
}
result = tu.run(query)
**HPA_get_subcellular_location**（类型：HPAGetSubcellularLocationTool）¶
使用优化的 columns 参数获取蛋白质的注释亚细胞定位。检索 bo…
HPA_get_subcellular_location 工具规范
工具信息：
名称：
HPA_get_subcellular_location类型：
HPAGetSubcellularLocationTool描述：使用优化的 columns 参数获取蛋白质的注释亚细胞定位。高效检索主要及附加的亚细胞定位信息。
参数：
``gene_name``（字符串）（必填）基因名称或基因符号，例如 ‘CCNB1’、’TP53’、’EGFR’ 等。
示例用法：
query = {
"name": "HPA_get_subcellular_location",
"arguments": {
"gene_name": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**HPA_search_genes_by_query**（类型：HPASearchGenesTool）¶
通过基因名称、关键词或细胞系名称搜索匹配的基因，并返回Ensembl ID列表。…
HPA_search_genes_by_query 工具规格说明
工具信息：
名称：
HPA_search_genes_by_query类型：
HPASearchGenesTool描述：通过基因名称、关键词或细胞系名称搜索匹配基因，并返回Ensembl ID列表。该工具是多个HPA查询工作流程的入口。
参数：
``search_query``（字符串）（必填）用于搜索的基因名称、别名、关键词或细胞系名称，例如“EGFR”、“TP53”或“MCF7”。
示例用法：
query = {
"name": "HPA_search_genes_by_query",
"arguments": {
"search_query": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)