Rcsb Pdb 工具集¶
配置文件：rcsb_pdb_tools.json
工具类型：本地
工具数量：39
此页面包含在 rcsb_pdb_tools.json 配置文件中定义的所有工具。
可用工具¶
**get_assembly_info_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
检索给定PDB结构的所有相关生物组装体详细信息。
get_assembly_info_by_pdb_id 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_assembly_info_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：检索给定PDB结构的所有相关生物组装详细信息。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character RCSB PDB ID
示例用法：
query = {
"name": "get_assembly_info_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_assembly_summary**（类型：RCSBTool）¶
获取与PDB条目相关的装配的关键组装组成和对称性摘要。
get_assembly_summary 工具规范
工具信息：
名称:
get_assembly_summary类型：
RCSBTool描述：获取与PDB条目相关的装配的关键组成和对称性摘要。
参数：
assembly_id(string) (required) Assembly ID in format ‘PDBID-assemblyNumber’ (e.g., ‘1A8M-1’)
示例用法：
query = {
"name": "get_assembly_summary",
"arguments": {
"assembly_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_binding_affinity_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
检索与配体相关的结合亲和力常数（Kd、Ki、IC50）在PDB条目中。
通过 PDB ID 获取结合亲和力工具规范
工具信息：
名称:
get_binding_affinity_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：检索与PDB条目中的配体相关的结合亲和常数（Kd、Ki、IC50）。
参数：
pdb_id(string) (required) RCSB PDB ID (e.g., 1A8M)
示例用法：
query = {
"name": "get_binding_affinity_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_chem_comp_audit_info**（类型：RCSBTool）¶
获取化学组件的审计历史：操作类型、日期、详细信息、序号和处理…
get_chem_comp_audit_info 工具规范
工具信息：
名称:
get_chem_comp_audit_info类型：
RCSBTool描述：获取化学成分的审计历史记录，包括操作类型、日期、详细信息、序号及处理地点。
参数：
pdb_id(string) (required) Chemical component ID to retrieve audit info for
示例用法：
query = {
"name": "get_chem_comp_audit_info",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_chem_comp_charge_and_ambiguity**（类型：RCSBTool）¶
获取化学组分的形式电荷和歧义标志。
get_chem_comp_charge_and_ambiguity 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_chem_comp_charge_and_ambiguity类型：
RCSBTool描述：获取化学组分的形式电荷和不确定性标志。
参数：
pdb_id(string) (required) Chemical component ID to query charge and ambiguity
示例用法：
query = {
"name": "get_chem_comp_charge_and_ambiguity",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_citation_info_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
检索指定PDB结构的引文信息（作者、期刊、年份）。
get_citation_info_by_pdb_id 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_citation_info_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：检索给定PDB结构的引文信息（作者、期刊、年份）。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character RCSB PDB ID
示例用法：
query = {
"name": "get_citation_info_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_core_refinement_statistics**（类型：RCSBTool）¶
检索指定PDB结构的关键精修统计数据，包括R因子、占据率…
get_core_refinement_statistics 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_core_refinement_statistics类型：
RCSBTool描述：检索指定PDB结构的关键精修统计数据，包括R因子、占有率、相位误差及溶剂模型参数。
参数：
pdb_id(string) (required) PDB entry ID (e.g., ‘1ABC’)
示例用法：
query = {
"name": "get_core_refinement_statistics",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_crystal_growth_conditions_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
获取有关结构的结晶方法及条件的信息。
get_crystal_growth_conditions_by_pdb_id 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_crystal_growth_conditions_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：获取有关结构的结晶方法及条件的信息。
参数：
pdb_id(string) (required) PDB ID of the structure
示例用法：
query = {
"name": "get_crystal_growth_conditions_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_crystallization_ph_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
获取样品结晶过程中使用的pH值。
get_crystallization_ph_by_pdb_id 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_crystallization_ph_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：获取样品结晶过程中使用的pH值。
参数：
pdb_id(string) (required) RCSB PDB ID of the structure
示例用法：
query = {
"name": "get_crystallization_ph_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_crystallographic_properties_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
检索PDB条目的晶体学属性，如晶胞参数和空间群。
get_crystallographic_properties_by_pdb_id 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_crystallographic_properties_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：检索PDB条目的晶体学属性，如晶胞参数和空间群。
参数：
pdb_id(string) (required) PDB ID of the structure
示例用法：
query = {
"name": "get_crystallographic_properties_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_ec_number_by_entity_id**（类型：RCSBTool）¶
检索实体的酶委托编号（EC号）。
get_ec_number_by_entity_id 工具规范
工具信息：
名称：
get_ec_number_by_entity_id类型：
RCSBTool描述：获取实体的酶委托号（EC号）。
参数：
entity_id(string) (required) Polymer entity ID (e.g., ‘1A8M_1’)
示例用法：
query = {
"name": "get_ec_number_by_entity_id",
"arguments": {
"entity_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_em_3d_fitting_and_reconstruction_details**（类型：RCSBTool）¶
检索指定PDB条目的EM三维拟合模型详情及相关三维重建信息。
get_em_3d_fitting_and_reconstruction_details 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_em_3d_fitting_and_reconstruction_details类型：
RCSBTool描述：检索指定PDB条目的电镜三维拟合模型详情及相关三维重建信息。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character RCSB PDB ID
示例用法：
query = {
"name": "get_em_3d_fitting_and_reconstruction_details",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_emdb_ids_by_pdb_id**（类型：RCSB工具）¶
检索与PDB条目关联的电子显微镜数据银行（EMDB）标识符。
get_emdb_ids_by_pdb_id 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_emdb_ids_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：检索与PDB条目关联的电子显微镜数据银行（EMDB）标识符。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character PDB ID
示例用法：
query = {
"name": "get_emdb_ids_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_gene_name_by_entity_id**（类型：RCSBTool）¶
检索与聚合物实体相关的基因名称。
get_gene_name_by_entity_id 工具规范
工具信息：
名称：
get_gene_name_by_entity_id类型：
RCSBTool描述：检索与聚合物实体相关的基因名称。
参数：
entity_id(string) (required) Entity ID like ‘1A8M_1’
示例用法：
query = {
"name": "get_gene_name_by_entity_id",
"arguments": {
"entity_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_host_organism_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
获取PDB条目中用于蛋白质表达的宿主生物。
get_host_organism_by_pdb_id 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_host_organism_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：获取PDB条目中用于蛋白质表达的宿主生物。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character PDB ID
示例用法：
query = {
"name": "get_host_organism_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_ligand_bond_count_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
获取给定PDB结构中每个配体的键数。
get_ligand_bond_count_by_pdb_id 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_ligand_bond_count_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：获取给定PDB结构中每个配体的键数。
参数：
pdb_id(string) (required) PDB ID of the entry
示例用法：
query = {
"name": "get_ligand_bond_count_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_ligand_smiles_by_chem_comp_id**（类型：RCSBTool）¶
检索指定化学成分（配体）ID的SMILES化学结构字符串。
get_ligand_smiles_by_chem_comp_id 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_ligand_smiles_by_chem_comp_id类型：
RCSBTool描述：检索指定化学成分（配体）ID对应的SMILES化学结构字符串。
参数：
chem_comp_id(string) (required) Chemical component ID (e.g., ‘ATP’)
示例用法：
query = {
"name": "get_ligand_smiles_by_chem_comp_id",
"arguments": {
"chem_comp_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_mutation_annotations_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
Retrieve mutation annotations for a given PDB structure. Returns mutation count, the pdbx_mutatio…
get_mutation_annotations_by_pdb_id 工具规范
工具信息：
名称：
get_mutation_annotations_by_pdb_id类型：
RCSBToolDescription: Retrieve mutation annotations for a given PDB structure. Returns mutation count, the pdbx_mutation flag (YES/NO), the details field (contains mutation identity like “T790M”), fragment description, and protein description. Note: if all returned fields are null, the structure has no annotated mutations in RCSB.
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character RCSB PDB ID
示例用法：
query = {
"name": "get_mutation_annotations_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_oligosaccharide_descriptors_by_entity_id**（类型：RCSBTool）¶
检索PDB条目中分支实体（例如低聚糖）的结构描述符。
get_oligosaccharide_descriptors_by_entity_id 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_oligosaccharide_descriptors_by_entity_id类型：
RCSBTool描述：检索PDB条目中分支实体（例如寡糖）的结构描述符。
参数：
entity_id(string) (required) Branched entity ID like ‘5FMB_2’
示例用法：
query = {
"name": "get_oligosaccharide_descriptors_by_entity_id",
"arguments": {
"entity_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_polymer_entity_annotations**（类型：RCSBTool）¶
检索功能注释（Pfam 域、GO 术语）及相关的 UniProt 登录号以获取…
get_polymer_entity_annotations 工具规范
工具信息：
名称：
get_polymer_entity_annotations类型：
RCSBTool描述：检索聚合物实体的功能注释（Pfam结构域、GO术语）及相关的UniProt登录号。
参数：
entity_id(string) (required) Polymer entity ID like ‘1A8M_1’
示例用法：
query = {
"name": "get_polymer_entity_annotations",
"arguments": {
"entity_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_polymer_entity_count_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
获取结构中不同聚合物实体（链）的数量。
get_polymer_entity_count_by_pdb_id 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_polymer_entity_count_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：获取结构中不同聚合物实体（链）的数量。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character PDB ID
示例用法：
query = {
"name": "get_polymer_entity_count_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_polymer_entity_ids_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
列出给定 PDB ID 的聚合物实体 ID。适用于基于单个聚合物实体构建进一步查询。
get_polymer_entity_ids_by_pdb_id 工具规范
工具信息：
名称:
get_polymer_entity_ids_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：列出给定 PDB ID 的聚合物实体 ID。可用于进一步查询单个聚合物实体。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character RCSB PDB ID of the protein
示例用法：
query = {
"name": "get_polymer_entity_ids_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_polymer_entity_type_by_entity_id**（类型：RCSBTool）¶
使用聚合物实体ID获取聚合物实体类型（例如：蛋白质、DNA）。
通过实体ID获取聚合物实体类型工具规范
工具信息：
名称:
get_polymer_entity_type_by_entity_id类型：
RCSBTool描述：使用聚合物实体ID获取聚合物实体类型（例如，蛋白质、DNA）。
参数：
entity_id(string) (required) Polymer entity ID like ‘1A8M_1’
示例用法：
query = {
"name": "get_polymer_entity_type_by_entity_id",
"arguments": {
"entity_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_polymer_molecular_weight_by_entity_id**（类型：RCSBTool）¶
获取聚合物实体的分子量。
通过实体ID获取聚合物分子量工具规格
工具信息：
名称:
get_polymer_molecular_weight_by_entity_id类型：
RCSBTool描述：获取聚合物实体的分子量。
参数：
entity_id(string) (required) Polymer entity ID like ‘1A8M_1’
示例用法：
query = {
"name": "get_polymer_molecular_weight_by_entity_id",
"arguments": {
"entity_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_protein_classification_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
获取蛋白质结构的分类（例如：转移酶、氧化还原酶）。
通过 PDB ID 获取蛋白质分类工具规范
工具信息：
名称:
get_protein_classification_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：获取蛋白质结构的分类（例如：转移酶、氧化还原酶）。
参数：
pdb_id(string) (required) PDB ID of the entry
示例用法：
query = {
"name": "get_protein_classification_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_protein_metadata_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
检索基本蛋白质结构元数据，包括结构标题、实验方法、分辨率…
get_protein_metadata_by_pdb_id 工具规范
工具信息：
名称:
get_protein_metadata_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：检索基本的蛋白质结构元数据，包括结构标题、实验方法、分辨率和初始发布日期。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character RCSB PDB ID of the protein
示例用法：
query = {
"name": "get_protein_metadata_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_refinement_resolution_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
从精修数据中检索X射线结构的报告分辨率。
get_refinement_resolution_by_pdb_id 工具规范
工具信息：
名称:
get_refinement_resolution_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：从精修数据中获取X射线结构的报告分辨率。
参数：
pdb_id(string) (required) PDB entry ID
示例用法：
query = {
"name": "get_refinement_resolution_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_release_deposit_dates_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
获取 PDB 条目的发布日期和提交日期。
get_release_deposit_dates_by_pdb_id 工具规范
工具信息：
名称:
get_release_deposit_dates_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：获取 PDB 条目的发布日期和提交日期。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character RCSB PDB ID
示例用法：
query = {
"name": "get_release_deposit_dates_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_sequence_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
获取指定PDB结构中聚合物实体的氨基酸或核苷酸序列。
根据上下文，以下是翻译内容：
工具信息：
名称:
get_sequence_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：检索指定PDB结构中聚合物实体的氨基酸或核苷酸序列。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character RCSB PDB ID
示例用法：
query = {
"name": "get_sequence_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_sequence_lengths_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
获取指定PDB结构中聚合物实体的序列长度。
根据PDB ID获取序列长度工具规范
工具信息：
名称:
get_sequence_lengths_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：检索指定PDB结构中聚合物实体的序列长度。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character RCSB PDB ID
示例用法：
query = {
"name": "get_sequence_lengths_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_sequence_positional_features_by_instance_id**（类型：RCSBTool）¶
检索聚合物实体实例的序列位置特征（例如，结合位点、基序）。
根据实例ID获取序列位置特征工具规范
工具信息：
名称:
get_sequence_positional_features_by_instance_id类型：
RCSBTool描述：检索聚合物实体实例的序列位置特征（例如，结合位点、基序）。
参数：
instance_id(string) (required) Polymer entity instance ID like ‘1NDO.A’
示例用法：
query = {
"name": "get_sequence_positional_features_by_instance_id",
"arguments": {
"instance_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_source_organism_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
检索指定PDB结构的来源生物的学名。
get_source_organism_by_pdb_id 工具规范
工具信息：
名称:
get_source_organism_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：检索给定PDB结构的来源生物的学名。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character RCSB PDB ID of the structure
示例用法：
query = {
"name": "get_source_organism_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_space_group_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
获取该结构的晶体学空间群。
通过 PDB ID 获取空间群工具规范
工具信息：
名称:
get_space_group_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：获取结构的晶体学空间群。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character RCSB PDB ID
示例用法：
query = {
"name": "get_space_group_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_structure_determination_software_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
检索结构解析过程中使用的软件名称。
根据PDB ID获取结构解析软件工具规范
工具信息：
名称:
get_structure_determination_software_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：检索用于结构测定的软件名称。
参数：
pdb_id(string) (required) RCSB PDB entry ID
示例用法：
query = {
"name": "get_structure_determination_software_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_structure_title_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
检索指定PDB条目的结构标题。
通过 PDB ID 获取结构标题工具规范
工具信息：
名称:
get_structure_title_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：检索指定 PDB 条目的结构标题。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character PDB ID
示例用法：
query = {
"name": "get_structure_title_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_structure_validation_metrics_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
获取 PDB 条目的结构验证指标，例如 R-free、R-work 和冲突评分（clashscore）。
通过 PDB ID 获取结构验证指标工具规范
工具信息：
名称:
get_structure_validation_metrics_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：检索 PDB 条目的结构验证指标，例如 R-free、R-work 和冲突评分（clashscore）。
参数：
pdb_id(string) (required) PDB ID of the structure
示例用法：
query = {
"name": "get_structure_validation_metrics_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_target_cofactor_info**（类型：RCSBTool）¶
获取指定目标的关键辅因子信息，包括辅因子ID、作用机制等内容。
get_target_cofactor_info 工具规范
工具信息：
名称:
get_target_cofactor_info类型：
RCSBTool描述：检索指定目标的关键辅因子信息，包括辅因子ID、作用机制、文献参考以及资源元数据。
参数：
pdb_id(string) (required) Target ID or entity identifier (e.g., UniProt ID or internal target id)
示例用法：
query = {
"name": "get_target_cofactor_info",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_taxonomy_by_pdb_id**（类型：RCSBTool）¶
获取与PDB条目相关的生物体的学名和分类信息。
通过 PDB ID 获取分类工具规范
工具信息：
名称:
get_taxonomy_by_pdb_id类型：
RCSBTool描述：获取与 PDB 条目相关的生物体的学名和分类信息。
参数：
pdb_id(string) (required) 4-character RCSB PDB ID
示例用法：
query = {
"name": "get_taxonomy_by_pdb_id",
"arguments": {
"pdb_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_uniprot_accession_by_entity_id**（类型：RCSBTool）¶
获取与特定聚合物实体相关的UniProt登录号。
get_uniprot_accession_by_entity_id 工具规范
工具信息：
名称:
get_uniprot_accession_by_entity_id类型：
RCSBTool描述：获取与特定聚合物实体相关的UniProt登录号。
参数：
entity_id(string) (required) Polymer entity ID (e.g., ‘1A8M_1’)
示例用法：
query = {
"name": "get_uniprot_accession_by_entity_id",
"arguments": {
"entity_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)