分子二维工具

配置文件: molecule_2d_tools.json 工具类型: 本地 工具数量: 1

此页面包含在``molecule_2d_tools.json``配置文件中定义的所有工具。

可用工具

**visualize_molecule_2d**（类型：Molecule2DTool）

使用RDKit可视化二维分子结构。支持SMILES、InChI、分子名称以及各种格式。

visualize_molecule_2d 工具规范

工具信息：

  • 名称: visualize_molecule_2d

  • 类型: Molecule2DTool

  • Description: Visualize 2D molecular structures using RDKit. Supports SMILES, InChI, molecule names, and various output formats including PNG, SVG, and interactive HTML. Prerequisites: Requires ‘rdkit’ package (install: pip install tooluniverse[visualization]).

参数：

  • ``smiles``（字符串）（必需）分子结构的SMILES字符串表示形式

  • ``inchi``（字符串）（必需）分子InChI字符串表示形式

  • ``molecule_name``（字符串）（必填）分子通用名称（将通过PubChem解析为SMILES）

  • ``width``（整数）（可选）可视化的宽度，单位为像素

  • ``height``（整数）（可选）可视化的高度，单位为像素

  • ``output_format``（字符串）（可选）输出格式

  • ``show_atom_numbers``（布尔值）（可选）是否显示原子编号

  • ``show_bond_numbers``（布尔值）（可选）是否显示键编号

  • ``include_stereo``（布尔值）（可选）是否包含立体化学信息

示例用法：

query = {
    "name": "visualize_molecule_2d",
    "arguments": {
        "smiles": "example_value",
        "inchi": "example_value",
        "molecule_name": "example_value"
    }
}
result = tu.run(query)