撰写工具¶
Configuration File: compose_tools.json
Tool Type: Local
Tools Count: 6
此页面包含 compose_tools.json 配置文件中定义的所有工具。
可用工具¶
**BiomarkerDiscoveryWorkflow**（类型：ComposeTool）¶
通过文献分析发现并验证特定疾病状态的生物标志物，表达…
BiomarkerDiscoveryWorkflow 工具规范
工具信息：
名称：
BiomarkerDiscoveryWorkflow类型：
ComposeTool描述：通过文献分析、表达数据、通路富集以及临床验证，发现并验证特定疾病状态的生物标志物。
参数：
``disease_condition``（字符串）（必填）用于发现生物标志物的疾病状况（例如，“乳腺癌”、“阿尔茨海默病”）
sample_type(string) (required) The type of sample to analyze (e.g., ‘blood’, ‘tissue’, ‘plasma’)
示例用法：
query = {
"name": "BiomarkerDiscoveryWorkflow",
"arguments": {
"disease_condition": "example_value",
"sample_type": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**ComprehensiveDrugDiscoveryPipeline**（类型：ComposeTool）¶
完整的端到端药物发现工作流程，从疾病到优化候选化合物。识别靶点…
ComprehensiveDrugDiscoveryPipeline 工具规范
工具信息：
名称:
ComprehensiveDrugDiscoveryPipeline类型：
ComposeTool描述：完整的端到端药物发现工作流程，从疾病到优化候选化合物。包括靶点识别、先导化合物发现、ADMET性质筛选、安全性评估，并通过文献验证。
参数：
``disease_efo_id``（字符串）（必填）用于药物研发的疾病EFO ID（例如，阿尔茨海默病的EFO ID为’EFO_0001074’）
示例用法：
query = {
"name": "ComprehensiveDrugDiscoveryPipeline",
"arguments": {
"disease_efo_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**DrugSafetyAnalyzer**（类型：ComposeTool）¶
综合药物安全性分析，结合不良事件数据、文献综述和分子…
DrugSafetyAnalyzer工具规格
工具信息：
名称:
DrugSafetyAnalyzer类型：
ComposeTool描述：综合药物安全性分析，结合不良事件数据、文献综述和分子信息
参数：
``drug_name``（字符串）（必填）要分析的药物名称
patient_sex(string) (required) Filter by patient sex (optional)serious_events_only(boolean) (required) Focus only on serious adverse events
示例用法：
query = {
"name": "DrugSafetyAnalyzer",
"arguments": {
"drug_name": "example_value",
"patient_sex": "example_value",
"serious_events_only": true
}
}
result = tu.run(query)
**文献搜索工具**（类型：撰写工具）¶
综合文献检索与汇总工具，支持多数据库检索（EuropePMC、Ope…
LiteratureSearchTool 工具规格说明
工具信息：
名称：
LiteratureSearchTool类型：
ComposeTool描述：一款综合文献检索与摘要工具，能够检索多个数据库（EuropePMC、OpenAlex、PubTator），并生成基于人工智能的研究成果摘要。
参数：
``research_topic``（字符串）（必填）用于在文献中搜索的研究主题或查询内容
示例用法：
query = {
"name": "LiteratureSearchTool",
"arguments": {
"research_topic": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**ToolGraphGenerationPipeline**（类型：ComposeTool）¶
使用 ToolRelationshipDe 生成所提供工具配置之间的有向工具关系图。
ToolGraphGenerationPipeline 工具规范
工具信息：
名称：
ToolGraphGenerationPipeline类型：
ComposeTool描述：使用 ToolRelationshipDetector 在提供的工具配置之间生成有向工具关系图，以推断数据流兼容性。
参数：
``tool_configs``（数组）（必填）工具配置对象列表
max_tools(integer) (optional) Optional max number of tools to process (debug)output_path(string) (optional) Path for output graph JSONsave_intermediate_every(integer) (optional) Checkpoint every N processed pairs
示例用法：
query = {
"name": "ToolGraphGenerationPipeline",
"arguments": {
"tool_configs": ["item1", "item2"]
}
}
result = tu.run(query)
**ToolMetadataGenerationPipeline**（类型：ComposeTool）¶
通过调用 ToolMe，为一批 ToolUniverse 工具配置生成标准化元数据…
ToolMetadataGenerationPipeline 工具规范
工具信息：
名称：
ToolMetadataGenerationPipeline类型：
ComposeTool描述：通过调用 ToolMetadataGenerator、LabelGenerator 和 ToolMetadataStandardizer，为一批 ToolUniverse 工具配置生成标准化元数据，包括来源和标签。
参数：
``tool_configs``（数组）（必填）用于提取和标准化元数据的原始工具配置 JSON 对象列表
tool_type_mappings(object) (optional) Mapping of simplified toolType (keys) to lists of tool ‘type’ values belonging to each simplified category (e.g., {‘Databases’: [‘XMLTool’]})add_existing_tooluniverse_labels(boolean) (optional) Whether to include labels from existing ToolUniverse tools when labeling the metadata configs of the new tools. It is strongly recommended that this is set to true to minimize the number of new labels created and the possibility of redundant labels.max_new_tooluniverse_labels(integer) (optional) The maximum number of new ToolUniverse labels to use in the metadata configs of the new tools. The existing ToolUniverse labels will be used first, and then new labels will be created as needed up to this limit. If the limit is reached, the least relevant new labels will be discarded. Please try to use as few new labels as possible to avoid excessive labels.
示例用法：
query = {
"name": "ToolMetadataGenerationPipeline",
"arguments": {
"tool_configs": ["item1", "item2"]
}
}
result = tu.run(query)