蛋白质结构3D工具

配置文件: protein_structure_3d_tools.json 工具类型: 本地 工具数量: 1

此页面包含在``protein_structure_3d_tools.json``配置文件中定义的所有工具。

可用工具

**visualize_protein_structure_3d**（类型：ProteinStructure3DTool）

使用 py3Dmol 可视化 3D 蛋白质结构。支持 PDB ID、PDB 文件内容以及多种视图选项。

visualize_protein_structure_3d 工具规范

工具信息：

  • 名称: visualize_protein_structure_3d

  • 类型: ProteinStructure3DTool

  • Description: Visualize 3D protein structures using py3Dmol. Supports PDB IDs, PDB file content, and various visualization styles including cartoon, surface, and stick representations. Prerequisites: Requires ‘py3Dmol’ package (install: pip install tooluniverse[visualization]).

参数：

  • ``pdb_id``（字符串）（必填）PDB标识符（例如：’1CRN’，’7CGO’）。必须提供pdb_id或pdb_content之一。

  • ``pdb_content``（字符串）（必填）作为字符串的原始 PDB 文件内容。必须提供 pdb_id 或 pdb_content 之一。

  • ``style``（字符串）（可选）可视化样式

  • ``color_scheme``（字符串）（可选）结构的配色方案

  • ``width``（整数）（可选）可视化的宽度，单位为像素

  • ``height``（整数）（可选）可视化的高度，单位为像素

  • ``show_sidechains``（布尔值）（可选）是否显示侧链原子

  • ``show_surface``（布尔值）（可选）是否显示分子表面

示例用法：

query = {
    "name": "visualize_protein_structure_3d",
    "arguments": {
        "pdb_id": "example_value",
        "pdb_content": "example_value"
    }
}
result = tu.run(query)