分子3D工具

配置文件: molecule_3d_tools.json 工具类型: 本地 工具数量: 1

此页面包含在``molecule_3d_tools.json``配置文件中定义的所有工具。

可用工具

**visualize_molecule_3d**（类型：Molecule3DTool）

使用 RDKit 和 py3Dmol 可视化 3D 分子结构。支持 SMILES、MOL 文件、SDF 内容…

visualize_molecule_3d 工具规范

工具信息：

  • 名称: visualize_molecule_3d

  • 类型: Molecule3DTool

  • 描述：使用RDKit和py3Dmol可视化3D分子结构。支持SMILES、MOL文件、SDF内容以及多种可视化样式，并提供交互式3D查看功能。

参数：

  • smiles (string) (optional) SMILES string representation of the molecule

  • mol_content (string) (optional) MOL file content as string

  • sdf_content (string) (optional) SDF file content as string

  • ``style``（字符串）（可选）可视化样式

  • ``color_scheme``（字符串）（可选）分子颜色方案

  • ``width``（整数）（可选）可视化的宽度（单位：像素）

  • ``height``（整数）（可选）可视化的高度，单位为像素

  • ``show_hydrogens``（布尔值）（可选）是否显示氢原子

  • ``show_surface``（布尔值）（可选）是否显示分子表面

  • ``generate_conformers``（布尔值）（可选）是否生成多个构象

  • ``conformer_count``（整数）（可选）生成构象体的数量

示例用法：

query = {
    "name": "visualize_molecule_3d",
    "arguments": {
    }
}
result = tu.run(query)