基因本体工具¶
配置文件：gene_ontology_tools.json
工具类型：本地
工具数量：5
此页面包含在 gene_ontology_tools.json 配置文件中定义的所有工具。
可用工具¶
**GO_get_annotations_for_gene**（类型：GeneOntologyTool）¶
使用 GOlr 搜索查找特定基因/蛋白质的所有 GO 注释。
GO_get_annotations_for_gene 工具规范
工具信息：
名称：
GO_get_annotations_for_gene类型：
GeneOntologyTool描述：使用GOlr搜索查找特定基因/蛋白质的所有GO注释。
参数：
``gene_id``（字符串）（必填）基因标识符，例如基因符号（如：’TP53’）或数据库ID。
rows(integer) (optional) Maximum number of annotations to return. Default: 100. Use a lower value (e.g., 25) for genes with many annotations like TP53.
示例用法：
query = {
"name": "GO_get_annotations_for_gene",
"arguments": {
"gene_id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**GO_get_genes_for_term**（类型：GeneOntologyTool）¶
使用 Biolink API 查找与特定 Gene Ontology 术语相关的所有基因/蛋白质。
GO_get_genes_for_term 工具规范
工具信息：
名称:
GO_get_genes_for_term类型：
GeneOntologyTool描述：使用 Biolink API 查找与特定基因本体（Gene Ontology）术语相关的所有基因/蛋白质。
参数：
``id``（字符串）（必填）标准的GO术语ID，例如：’GO:0006915’。
taxon(string) (required) Optional species filter using a NCBI taxon ID. For example, Human is ‘NCBITaxon:9606’, and Mouse is ‘NCBITaxon:10090’.rows(integer) (required) The number of genes to return. Default is 100.
示例用法：
query = {
"name": "GO_get_genes_for_term",
"arguments": {
"id": "example_value",
"taxon": "example_value",
"rows": 10
}
}
result = tu.run(query)
**GO_get_term_by_id**（类型：GeneOntologyTool）¶
通过使用GOlr搜索，根据ID检索基本的GO术语信息。
GO_get_term_by_id 工具规范
工具信息：
名称:
GO_get_term_by_id类型：
GeneOntologyTool描述：通过使用GOlr搜索，根据ID检索基本的GO术语信息。
参数：
``id``（字符串）（必填）标准的GO术语ID，例如“GO:0006915”表示凋亡过程。
示例用法：
query = {
"name": "GO_get_term_by_id",
"arguments": {
"id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**GO_get_term_details**（类型：GeneOntologyTool）¶
使用 Biolink API 检索特定 GO ID 的详细信息，包括定义，…
GO_get_term_details 工具规格说明
工具信息：
名称：
GO_get_term_details类型：
GeneOntologyTool描述：使用 Biolink API 检索特定 GO ID 的详细信息，包括定义、同义词和注释。
参数：
``id``（字符串）（必填）标准的GO术语ID，例如“GO:0006915”表示凋亡过程。
示例用法：
query = {
"name": "GO_get_term_details",
"arguments": {
"id": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**GO_search_terms**（类型：GeneOntologyTool）¶
使用 GOlr 搜索引擎通过关键词搜索基因本体（GO）术语。返回 GO 术语…
GO_search_terms 工具规格说明
工具信息：
名称：
GO_search_terms类型：
GeneOntologyTool描述：使用 GOlr 搜索引擎通过关键词搜索基因本体（GO）术语。返回 GO 术语及相关生物实体。
参数：
``query``（字符串）（必填）用于搜索的关键词，例如“细胞凋亡”或“激酶活性”。
示例用法：
query = {
"name": "GO_search_terms",
"arguments": {
"query": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)