巅峰工具

配置文件: remote_tools/pinnacle_tools.json 工具类型: 远程 工具数量: 1

此页面包含在``pinnacle_tools.json``配置文件中定义的所有工具。

可用工具

**运行_pinnacle_ppi_检索**（类型：远程工具）

从PINNACLE中检索细胞类型特异性的蛋白质-蛋白质交互嵌入数据。该工具提供…

run_pinnacle_ppi_retrieval 工具规范

工具信息：

  • 名称: run_pinnacle_ppi_retrieval

  • 类型: RemoteTool

  • 描述: 从PINNACLE检索细胞类型特异性的蛋白质-蛋白质相互作用嵌入。此工具提供预先计算的PINNACLE（Protein Interaction Network Contextualized Learning，蛋白质相互作用网络上下文化学习）嵌入，这些嵌入表示特定细胞环境中的蛋白质-蛋白质相互作用。嵌入以密集向量表示蛋白质之间的功能关系，捕捉直接的物理相互作用和功能关联。

参数：

  • ``cell_type``（字符串）（必填）目标细胞类型，用于嵌入检索。支持灵活的命名方式：标准格式：’b_cell’、’hepatocyte’、’cardiomyocyte’；替代格式：’B-cell’、’T cell’、’NK cells’；组织类型：’liver’、’heart’、’brain’、’immune’。该工具会执行智能匹配以找到最佳可用匹配项。

  • embed_path (string) (required) Path to the PINNACLE embeddings file (.pth format). If None, uses PINNACLE_DATA_PATH/pinnacle_embeds/ppi_embed_dict.pth.

示例用法：

query = {
    "name": "run_pinnacle_ppi_retrieval",
    "arguments": {
        "cell_type": "example_value",
        "embed_path": "example_value"
    }
}
result = tu.run(query)