Transcriptformer 工具¶
配置文件：remote_tools/transcriptformer_tools.json
工具类型：远程
工具数量：1
此页面包含在 transcriptformer_tools.json 配置文件中定义的所有工具。
可用工具¶
**run_transcriptformer_embedding_retrieval**（类型：RemoteTool）¶
从 Transcriptformer 模型中检索上下文化的基因嵌入。该工具提供访问…
run_transcriptformer_embedding_retrieval 工具规格说明
工具信息：
名称：
run_transcriptformer_embedding_retrieval类型：
RemoteTool描述：从Transcriptformer模型中提取上下文化的基因嵌入。本工具提供对预计算的Transcriptformer嵌入的访问，这些嵌入捕捉了从单细胞RNA测序数据中学习到的基因表达模式。嵌入根据特定的疾病状态和细胞类型组合进行了上下文化，能够在相关的生物学背景中实现对基因行为的精确分析。
参数：
``state``（字符串）（必填）嵌入检索的疾病状态上下文。示例：’control’：健康/正常状态；’disease’：疾病影响状态；’treated’：治疗后状态；’untreated’：治疗前状态。必须与疾病特定存储中的可用状态匹配。
``cell_type``（字符串）（必填）嵌入的细胞类型上下文。示例：’b_cell’：B淋巴细胞；’t_cell’：T淋巴细胞；’macrophage’：组织巨噬细胞；’epithelial_cell’：上皮细胞；’fibroblast’：结缔组织成纤维细胞。必须与疾病库中可用的细胞类型匹配。
``gene_names``（数组）（必填）用于嵌入检索的基因标识符：基因符号：[‘TP53’, ‘BRCA1’, ‘EGFR’, ‘MYC’]；Ensembl ID：[‘ENSG00000141510’, ‘ENSG00000139618’]；支持混合格式；空列表将检索所有可用基因。
``disease``（字符串）（必填）疾病/数据集标识符。示例：’breast_cancer’：乳腺癌 scRNA-seq 数据；’lung_cancer’：肺癌相关内容；’diabetes’：糖尿病相关数据集；’alzheimer’：阿尔茨海默病相关内容。必须与可用的疾病存储匹配。
示例用法：
query = {
"name": "run_transcriptformer_embedding_retrieval",
"arguments": {
"state": "example_value",
"cell_type": "example_value",
"gene_names": ["item1", "item2"],
"disease": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)