基因组学工具¶
配置文件：packages/genomics_tools.json
工具类型：本地
工具数量：20
本页面包含 genomics_tools.json 配置文件中定义的所有工具。
可用工具¶
**get_arboreto_info**（类型：PackageTool）¶
获取有关 Arboreto —— 基因调控网络推断的全面信息
get_arboreto_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_arboreto_info类型：
PackageTool描述：获取关于 Arboreto 的全面信息——基因调控网络推断
参数：
``info_type``（字符串）（必填）要检索的关于 Arboreto 的信息类型
示例用法：
query = {
"name": "get_arboreto_info",
"arguments": {
"info_type": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_cellxgene_census_info**（类型：PackageTool）¶
获取有关 cellxgene-census 的全面信息——访问 CELLxGENE Census 单细胞…
get_cellxgene_census_info 工具规范
工具信息：
名称:
get_cellxgene_census_info类型：
PackageTool描述：获取有关 cellxgene-census 的全面信息——访问 CELLxGENE Census 单细胞数据
参数：
``info_type``（字符串）（必填）要检索的有关 cellxgene-census 的信息类型
示例用法：
query = {
"name": "get_cellxgene_census_info",
"arguments": {
"info_type": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_clair3_info**（类型：PackageTool）¶
获取有关Clair3的全面信息——适用于长读长测序的变异检测
get_clair3_info 工具规范
工具信息：
名称:
get_clair3_info类型：
PackageTool描述：获取关于Clair3的全面信息——适用于长读长测序的变异检测
参数：
``info_type``（字符串）（必填）关于 Clair3 要检索的信息类型
示例用法：
query = {
"name": "get_clair3_info",
"arguments": {
"info_type": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_cyvcf2_info**（类型：PackageTool）¶
获取有关 cyvcf2 的全面信息 – 快速处理 VCF/BCF 文件
get_cyvcf2_info 工具规范
工具信息：
名称:
get_cyvcf2_info类型：
PackageTool描述：获取关于 cyvcf2 的全面信息——快速处理 VCF/BCF 文件
参数：
include_examples(boolean) (required) Whether to include usage examples and quick start guide
示例用法：
query = {
"name": "get_cyvcf2_info",
"arguments": {
"include_examples": true
}
}
result = tu.run(query)
**get_deeptools_info**（类型：PackageTool）¶
获取有关 deepTools 的全面信息——深度测序数据处理
get_deeptools_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_deeptools_info类型：
PackageTool描述：获取关于 deepTools —— 深度测序数据处理的全面信息
参数：
``info_type``（字符串）（必填）要检索的关于 deepTools 的信息类型
示例用法：
query = {
"name": "get_deeptools_info",
"arguments": {
"info_type": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_gseapy_info**（类型：PackageTool）¶
获取关于 GSEApy —— Python 中基因集富集分析的全面信息
get_gseapy_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_gseapy_info类型：
PackageTool描述：获取关于 GSEApy —— Python 中的基因集富集分析的全面信息
参数：
include_examples(boolean) (required) Whether to include usage examples and quick start guide
示例用法：
query = {
"name": "get_gseapy_info",
"arguments": {
"include_examples": true
}
}
result = tu.run(query)
**get_jcvi_info**（类型：PackageTool）¶
获取关于JCVI——基因组组装与比较基因组学的全面信息
get_jcvi_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_jcvi_info类型：
PackageTool描述：获取关于JCVI——基因组组装与比较基因组学的全面信息
参数：
``info_type``（字符串）（必填） 要检索的关于 JCVI 的信息类型
示例用法：
query = {
"name": "get_jcvi_info",
"arguments": {
"info_type": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_kipoiseq_info**（类型：PackageTool）¶
获取有关 kipoiseq 软件包的信息。Kipoi 序列工具集，适用于基因组学深度学习。
get_kipoiseq_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_kipoiseq_info类型：
PackageTool描述：获取有关 kipoiseq 软件包的信息。Kipoi 序列工具集，适用于基因组学深度学习。
参数：
无需参数。
示例用法：
query = {
"name": "get_kipoiseq_info",
"arguments": {
}
}
result = tu.run(query)
**get_poretools_info**（类型：PackageTool）¶
获取有关 poretools 软件包的信息。Python 软件包：poretools
get_poretools_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_poretools_info类型：
PackageTool描述：获取有关 poretools 包的信息。Python 包：poretools
参数：
无需参数。
示例用法：
query = {
"name": "get_poretools_info",
"arguments": {
}
}
result = tu.run(query)
**get_pybedtools_info**（类型：PackageTool）¶
获取关于 pybedtools —— BEDTools 的 Python 封装器的全面信息
get_pybedtools_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_pybedtools_info类型：
PackageTool描述：获取有关 pybedtools 的全面信息 —— BEDTools 的 Python 封装器
参数：
include_examples(boolean) (required) Whether to include usage examples and quick start guide
示例用法：
query = {
"name": "get_pybedtools_info",
"arguments": {
"include_examples": true
}
}
result = tu.run(query)
**get_pydeseq2_info**（类型：PackageTool）¶
获取关于 PyDESeq2 —— RNA 测序差异表达分析的全面信息
get_pydeseq2_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_pydeseq2_info类型：
PackageTool描述：获取关于 PyDESeq2 —— RNA 测序差异表达分析的全面信息
参数：
``info_type``（字符串）（必填）要检索的关于 PyDESeq2 的信息类型
示例用法：
query = {
"name": "get_pydeseq2_info",
"arguments": {
"info_type": "example_value"
}
}
result = tu.run(query)
**get_pyensembl_info**（类型：PackageTool）¶
获取有关 pyensembl 包的信息。Python 接口，用于访问 Ensembl 参考基因组元数据。
get_pyensembl_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_pyensembl_info类型：
PackageTool描述：获取关于 pyensembl 包的信息。Python 接口，用于访问 Ensembl 参考基因组元数据。
参数：
无需参数。
示例用法：
query = {
"name": "get_pyensembl_info",
"arguments": {
}
}
result = tu.run(query)
**get_pyfaidx_info**（类型：PackageTool）¶
获取关于 pyfaidx 的全面信息——高效的 FASTA 文件索引与随机访问
get_pyfaidx_info 工具规范
工具信息：
名称：
get_pyfaidx_info类型：
PackageTool描述：获取关于 pyfaidx 的全面信息——高效的 FASTA 文件索引和随机访问工具
参数：
include_examples(boolean) (required) Whether to include usage examples and quick start guide
示例用法：
query = {
"name": "get_pyfaidx_info",
"arguments": {
"include_examples": true
}
}
result = tu.run(query)
**get_pyfasta_info**（类型：PackageTool）¶
获取有关 pyfasta 包的信息。该 Python 库用于高效随机访问 fasta 序列…
get_pyfasta_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_pyfasta_info类型：
PackageTool描述：获取有关 pyfasta 包的信息。该 Python 库用于高效随机访问 fasta 子序列。
参数：
无需参数。
示例用法：
query = {
"name": "get_pyfasta_info",
"arguments": {
}
}
result = tu.run(query)
**get_pyliftover_info**（类型：PackageTool）¶
获取关于 PyLiftover 的全面信息——基因组坐标在不同组装版本之间的转换
get_pyliftover_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_pyliftover_info类型：
PackageTool描述：获取关于 PyLiftover 的全面信息——基因组坐标在不同组装版本之间的转换
参数：
include_examples(boolean) (required) Whether to include usage examples and quick start guide
示例用法：
query = {
"name": "get_pyliftover_info",
"arguments": {
"include_examples": true
}
}
result = tu.run(query)
**get_pyranges_info**（类型：PackageTool）¶
获取关于 PyRanges 的全面信息 —— 高效的基因组区间操作工具
get_pyranges_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_pyranges_info类型：
PackageTool描述：获取关于 PyRanges 的全面信息——高效的基因组区间操作工具
参数：
include_examples(boolean) (required) Whether to include usage examples and quick start guide
示例用法：
query = {
"name": "get_pyranges_info",
"arguments": {
"include_examples": true
}
}
result = tu.run(query)
**get_pysam_info**（类型：PackageTool）¶
获取有关 pysam 的全面信息——SAM/BAM/CRAM 文件接口
get_pysam_info 工具规范
工具信息：
名称：
get_pysam_info类型：
PackageTool描述：获取关于 pysam 的全面信息——用于操作 SAM/BAM/CRAM 文件的接口
参数：
include_examples(boolean) (required) Whether to include usage examples and quick start guide
示例用法：
query = {
"name": "get_pysam_info",
"arguments": {
"include_examples": true
}
}
result = tu.run(query)
**get_pyvcf_info**（类型：PackageTool）¶
获取有关 pyvcf 包的信息。用于解析和操作 VCF 文件的 Python 库。
get_pyvcf_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_pyvcf_info类型：
PackageTool描述：获取有关 pyvcf 包的信息。用于解析和操作 VCF 文件的 Python 库。
参数：
无需参数。
示例用法：
query = {
"name": "get_pyvcf_info",
"arguments": {
}
}
result = tu.run(query)
**get_reportlab_info**（类型：PackageTool）¶
获取关于 ReportLab —— PDF 生成库的全面信息
get_reportlab_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_reportlab_info类型：
PackageTool描述：获取关于 ReportLab —— PDF 生成库的全面信息
参数：
include_examples(boolean) (required) Whether to include usage examples and quick start guide
示例用法：
query = {
"name": "get_reportlab_info",
"arguments": {
"include_examples": true
}
}
result = tu.run(query)
**get_viennarna_info**（类型：PackageTool）¶
获取关于 ViennaRNA —— RNA 结构预测与分析的全面信息
get_viennarna_info 工具规格说明
工具信息：
名称：
get_viennarna_info类型：
PackageTool描述：获取关于 ViennaRNA——RNA 结构预测与分析的全面信息
参数：
include_examples(boolean) (required) Whether to include usage examples and quick start guide
示例用法：
query = {
"name": "get_viennarna_info",
"arguments": {
"include_examples": true
}
}
result = tu.run(query)