索引 _ | A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z _ __call__() （tooluniverse.execute_function.ToolCallable 方法） __contains__() （tooluniverse.execute_function.ToolNamespace 方法） __del__() （tooluniverse.cache.result_cache_manager.ResultCacheManager 方法） __del__() （tooluniverse.mcp_client_tool.MCPAutoLoaderTool 方法） __del__() （tooluniverse.MCPAutoLoaderTool 方法） __dir__()（在 tooluniverse 模块中） __enter__() （tooluniverse.ToolUniverseClient 方法） __exit__() （tooluniverse.ToolUniverseClient 方法） __getattr__() （tooluniverse.execute_function.ToolNamespace 方法） __getattr__() （tooluniverse.ToolUniverseClient 方法） __getattr__()（在 tooluniverse 模块中） __init__() （tooluniverse.ADAStandardsTool 方法） __init__() （tooluniverse.AddgeneTool 方法） __init__() （tooluniverse.admetai_tool.ADMETAITool 方法） __init__() （tooluniverse.ADMETAITool 方法） __init__() （tooluniverse.agentic_tool.AgenticTool 方法） __init__() （tooluniverse.AgenticTool 方法） __init__() 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CellosaurusGetCellLineInfoTool（tooluniverse.cellosaurus_tool 中的类） CellosaurusQueryConverterTool（tooluniverse 中的类） CellosaurusQueryConverterTool（tooluniverse.cellosaurus_tool 中的类） CellosaurusSearchTool（tooluniverse 中的类） CellosaurusSearchTool（tooluniverse.cellosaurus_tool 中的类） CellPaintingTool（tooluniverse 中的类） CELLxGENECensusTool（tooluniverse 中的类） CellxGeneDiscoveryTool（tooluniverse 中的类） ChEBITool（tooluniverse 中的类） check_function_call() （tooluniverse.base_tool.BaseTool 方法） check_function_call() （tooluniverse.BaseTool 方法） check_function_call() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） check_function_call() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） check_keys_present()（在 tooluniverse.openfda_tool 模块中） check_status() （tooluniverse.ProteinsPlusRESTTool 方法） check_status() （tooluniverse.SwissDockTool 方法） ChEMBL ChEMBL ID ChEMBL_search_similar_molecules()（在 tooluniverse.tools.ChEMBL_search_similar_molecules 模块中） ChEMBLRESTTool（tooluniverse 中的类） ChEMBLRESTTool（tooluniverse.chem_tool 中的类） ChEMBLTool（tooluniverse 中的类） ChEMBLTool（tooluniverse.chem_tool 中的类） ChemComputeTool（tooluniverse 中的类） ChIPAtlasTool（tooluniverse 中的类） chunk_size（tooluniverse.output_hook.SummarizationHook 属性） chunk_size（tooluniverse.output_hook.SummarizationHookConfig 属性） CIViCTool（tooluniverse 中的类） cleanup_expired() （tooluniverse.cache.sqlite_backend.PersistentCache 方法） cleanup_orphaned_files()（在 tooluniverse.build_optimizer 模块中） clear() （tooluniverse.cache.memory_cache.LRUCache 方法） clear() （tooluniverse.cache.result_cache_manager.ResultCacheManager 方法） clear() （tooluniverse.cache.sqlite_backend.PersistentCache 方法） clear_cache() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） clear_cache() （tooluniverse.tool_finder_llm.ToolFinderLLM 方法） clear_cache() （tooluniverse.ToolFinderLLM 方法） clear_cache() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） clear_lazy_cache()（在 tooluniverse.tool_registry 模块中） clear_tools() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） clear_tools() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） ClinGenAlleleTool（tooluniverse 中的类） ClinGenARTool（tooluniverse 中的类） ClinGenDosageTool（tooluniverse 中的类） ClinGenTool（tooluniverse 中的类） ClinicalTrialsDetailsTool（tooluniverse 中的类） ClinicalTrialsDetailsTool（tooluniverse.ctg_tool 中的类） ClinicalTrialsGovTool（tooluniverse 中的类） ClinicalTrialsSearchTool（tooluniverse 中的类） ClinicalTrialsSearchTool（tooluniverse.ctg_tool 中的类） ClinicalTrialsTool（tooluniverse 中的类） ClinicalTrialsTool（tooluniverse.ctg_tool 中的类） ClinVarGetClinicalSignificance（tooluniverse 中的类） ClinVarGetClinicalSignificance（tooluniverse.clinvar_tool 中的类） ClinVarGetVariantDetails（tooluniverse 中的类） ClinVarGetVariantDetails（tooluniverse.clinvar_tool 中的类） ClinVarRESTTool（tooluniverse 中的类） ClinVarRESTTool（tooluniverse.clinvar_tool 中的类） ClinVarSearchVariants（tooluniverse 中的类） ClinVarSearchVariants（tooluniverse.clinvar_tool 中的类） close() （tooluniverse.cache.result_cache_manager.ResultCacheManager 方法） close() （tooluniverse.cache.sqlite_backend.PersistentCache 方法） close() （tooluniverse.database_setup.sqlite_store.SQLiteStore 方法） close() （tooluniverse.database_setup.SQLiteStore 方法） close() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） close() （tooluniverse.SMCP 方法） close() （tooluniverse.smcp.SMCP 方法） close() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） close() （tooluniverse.ToolUniverseClient 方法） close_session() （tooluniverse.memory_manager.MemoryManager 方法） ClueTool（tooluniverse 中的类） CMA_Guidelines_Search()（在 tooluniverse.tools.CMA_Guidelines_Search 模块中） CMAGuidelinesTool（tooluniverse 中的类） CMAGuidelinesTool（tooluniverse.unified_guideline_tools 中的类） CODTool（tooluniverse 中的类） COLORS（tooluniverse.logging_config.ToolUniverseFormatter 属性） Compact Mode compare_function_calls()（在 tooluniverse.utils 模块中） ComplexPortalTool（tooluniverse 中的类） compose()（在 tooluniverse.compose_scripts.biomarker_discovery 模块中） compose()（在 tooluniverse.compose_scripts.comprehensive_drug_discovery 模块中） compose()（在 tooluniverse.compose_scripts.drug_safety_analyzer 模块中） compose()（在 tooluniverse.compose_scripts.enhanced_multi_agent_literature_search 模块中） compose()（在 tooluniverse.compose_scripts.literature_tool 模块中） compose()（在 tooluniverse.compose_scripts.multi_agent_literature_search 模块中） compose()（在 tooluniverse.compose_scripts.output_summarizer 模块中） compose()（在 tooluniverse.compose_scripts.tool_description_optimizer 模块中） compose()（在 tooluniverse.compose_scripts.tool_discover 模块中） compose()（在 tooluniverse.compose_scripts.tool_graph_composer 模块中） compose()（在 tooluniverse.compose_scripts.tool_graph_generation 模块中） compose()（在 tooluniverse.compose_scripts.tool_metadata_generator 模块中） compose_key()（tooluniverse.cache.result_cache_manager.ResultCacheManager 静态方法） composer_timeout_sec（tooluniverse.output_hook.SummarizationHookConfig 属性） composer_tool（tooluniverse.output_hook.SummarizationHook 属性） composer_tool（tooluniverse.output_hook.SummarizationHookConfig 属性） ComposeTool（tooluniverse 中的类） ComposeTool（tooluniverse.compose_tool 中的类） conditions（tooluniverse.output_hook.HookRule 属性） config_path（tooluniverse.output_hook.HookManager 属性） config（tooluniverse.output_hook.HookManager 属性） config（tooluniverse.output_hook.OutputHook 属性） connect_lookup_by_code() （tooluniverse.medlineplus_tool.MedlinePlusRESTTool 方法） connect_lookup_by_code() （tooluniverse.MedlinePlusRESTTool 方法） convert_to_base64_image() （tooluniverse.VisualizationTool 方法） CORE_search_papers()（在 tooluniverse.tools.CORE_search_papers 模块中） CorePDFSnippetsTool（tooluniverse 中的类） CorePDFSnippetsTool（tooluniverse.core_tool 中的类） CoreTool（tooluniverse 中的类） CoreTool（tooluniverse.core_tool 中的类） COSMICTool（tooluniverse 中的类） CPICGetRecommendationsTool（tooluniverse 中的类） CPICListGuidelinesTool（tooluniverse 中的类） CPICSearchPairsTool（tooluniverse 中的类） create_error_response() （tooluniverse.VisualizationTool 方法） create_mcp_tools_config()（tooluniverse.mcp_client_tool.MCPServerDiscovery 静态方法） create_mcp_tools_config()（tooluniverse.MCPServerDiscovery 静态方法） create_molecule_2d_html() （tooluniverse.VisualizationTool 方法） create_plotly_html() （tooluniverse.VisualizationTool 方法） create_py3dmol_html() （tooluniverse.VisualizationTool 方法） create_session() （tooluniverse.memory_manager.MemoryManager 方法） create_smcp_server()（在 tooluniverse 模块中） create_smcp_server()（在 tooluniverse.smcp 模块中） create_visualization_response() （tooluniverse.VisualizationTool 方法） created_at（tooluniverse.cache.sqlite_backend.CacheEntry 属性） critical()（在 tooluniverse.logging_config 模块中） CrossrefRESTTool（tooluniverse 中的类） CrossrefRESTTool（tooluniverse.crossref_tool 中的类） CryoETTool（tooluniverse 中的类） CrystalStructureTool（tooluniverse 中的类） CTDTool（tooluniverse 中的类） CTFPHCListGuidelinesTool（tooluniverse 中的类） CTFPHCListGuidelinesTool（tooluniverse.unified_guideline_tools 中的类） CTFPHCSearchGuidelinesTool（tooluniverse 中的类） CTFPHCSearchGuidelinesTool（tooluniverse.unified_guideline_tools 中的类） CTGovAPITool（tooluniverse 中的类） CustomTool（tooluniverse 中的类） CustomTool（tooluniverse.custom_tool 中的类） D DailyMedSPLParserTool（tooluniverse 中的类） DailyMedSPLParserTool（tooluniverse.dailymed_tool 中的类） DataCiteRESTTool（tooluniverse 中的类） DataGovTool（tooluniverse 中的类） DataQualityTool（tooluniverse 中的类） DatasetTool（tooluniverse 中的类） DatasetTool（tooluniverse.dataset_tool 中的类） DbfetchRESTTool（tooluniverse 中的类） DBLPTool（tooluniverse 中的类） DBLPTool（tooluniverse.dblp_tool 中的类） DBpediaSPARQLTool（tooluniverse 中的类） dbSNPGetFrequencies（tooluniverse 中的类） dbSNPGetFrequencies（tooluniverse.dbsnp_tool 中的类） dbSNPGetVariantByRsID（tooluniverse 中的类） dbSNPGetVariantByRsID（tooluniverse.dbsnp_tool 中的类） dbSNPRESTTool（tooluniverse 中的类） dbSNPRESTTool（tooluniverse.dbsnp_tool 中的类） dbSNPSearchByGene（tooluniverse 中的类） dbSNPSearchByGene（tooluniverse.dbsnp_tool 中的类） debug()（在 tooluniverse.logging_config 模块中） DeepGOTool（tooluniverse 中的类） DEFAULT_ALLOWED_MODULES（tooluniverse.BasePythonExecutor 属性） DEFAULT_BASE_URL（tooluniverse.efo_tool.OLSRESTTool 属性） DEFAULT_BASE_URL（tooluniverse.NvidiaNIMTool 属性） DEFAULT_BASE_URL（tooluniverse.OLSRESTTool 属性） DEFAULT_MODEL_LIMITS（tooluniverse.llm_clients.AzureOpenAIClient 属性） DEFAULT_MODEL_LIMITS（tooluniverse.llm_clients.OpenRouterClient 属性） DEFAULT_POLL_SECONDS（tooluniverse.NvidiaNIMTool 属性） DEFAULT_TIMEOUT（tooluniverse.NvidiaNIMTool 属性） DEFAULT_VERSION（tooluniverse.CADDTool 属性） DegreesOfUnsaturationTool（tooluniverse 中的类） delete() （tooluniverse.cache.memory_cache.LRUCache 方法） delete() （tooluniverse.cache.result_cache_manager.ResultCacheManager 方法） delete() （tooluniverse.cache.sqlite_backend.PersistentCache 方法） DepMapTool（tooluniverse 中的类） description（tooluniverse.DetailedTermInfo 属性） description（tooluniverse.OntologyInfo 属性） DetailedTermInfo（tooluniverse 中的类） details（tooluniverse.exceptions.ToolError 属性） DfamTool（tooluniverse 中的类） DGIdbTool（tooluniverse 中的类） disable_hook() （tooluniverse.output_hook.HookManager 方法） disable_hooks() （tooluniverse.output_hook.HookManager 方法） discover_mcp_tools() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） discover_mcp_tools() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） discover_mcp_tools()（在 tooluniverse.mcp_integration 模块中） discover_server_tools()（tooluniverse.mcp_client_tool.MCPServerDiscovery 静态方法） discover_server_tools()（tooluniverse.MCPServerDiscovery 静态方法） discover_tools() （tooluniverse.mcp_client_tool.MCPAutoLoaderTool 方法） discover_tools() （tooluniverse.MCPAutoLoaderTool 方法） DiseaseOntologyTool（tooluniverse 中的类） DiseaseTargetScoreTool（tooluniverse 中的类） DiseaseTargetScoreTool（tooluniverse.graphql_tool 中的类） DisGeNETTool（tooluniverse 中的类） DisProtTool（tooluniverse 中的类） DNATool（tooluniverse 中的类） DOAJTool（tooluniverse 中的类） DOAJTool（tooluniverse.doaj_tool 中的类） domain（tooluniverse.OntologyInfo 属性） DoseResponseTool（tooluniverse 中的类） download()（在 tooluniverse.database_setup 模块中） download_from_hf()（在 tooluniverse.utils 模块中） DrugCentralTool（tooluniverse 中的类） DrugPropertiesTool（tooluniverse 中的类） DrugSynergyTool（tooluniverse 中的类） dump() （tooluniverse.cache.result_cache_manager.ResultCacheManager 方法） dump_cache() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） dump_cache() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） DynamicPackageDiscovery（tooluniverse 中的类） DynaMut2Tool（tooluniverse 中的类） E eager_load() （tooluniverse.execute_function.ToolNamespace 方法） eager_load_tools() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） eager_load_tools() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） EBI_SEARCH_BASE（tooluniverse.EMPIARTool 属性） EBIProteinsCoordinatesTool（tooluniverse 中的类） EBIProteinsEpitopeTool（tooluniverse 中的类） EBIProteinsExtTool（tooluniverse 中的类） EBIProteinsFeaturesTool（tooluniverse 中的类） EBIProteinsInteractionsTool（tooluniverse 中的类） EBISearchRESTTool（tooluniverse 中的类） EBITaxonomyTool（tooluniverse 中的类） EFO EFO ID EFOTool（tooluniverse 中的类） EFOTool（tooluniverse.efo_tool 中的类） ELMTool（tooluniverse 中的类） embed() （tooluniverse.database_setup.Embedder 方法） embed() （tooluniverse.database_setup.embedder.Embedder 方法） embed_texts()（在 tooluniverse.database_setup.embed_utils 模块中） Embedder（tooluniverse.database_setup 中的类） Embedder（tooluniverse.database_setup.embedder 中的类） Embedding Embedding Search embedding_search() （tooluniverse.database_setup.search.SearchEngine 方法） embedding_search() （tooluniverse.database_setup.SearchEngine 方法） EmbeddingCollectionSearchTool（tooluniverse 中的类） EmbeddingCollectionSearchTool（tooluniverse.database_setup 中的类） EmbeddingCollectionSearchTool（tooluniverse.database_setup.generic_embedding_search_tool 中的类） EmbeddingDatabase（tooluniverse 中的类） EmbeddingDatabase（tooluniverse.database_setup.embedding_database 中的类） EmbeddingSync（tooluniverse 中的类） EmbeddingSync（tooluniverse.database_setup.embedding_sync 中的类） EMDBRESTTool（tooluniverse 中的类） EMOJI_PREFIX（tooluniverse.logging_config.ToolUniverseFormatter 属性） EMoleculesTool（tooluniverse 中的类） EMPIAR_API_BASE（tooluniverse.EMPIARTool 属性） EMPIARTool（tooluniverse 中的类） enable_hook() （tooluniverse.output_hook.HookManager 方法） enable_hooks() （tooluniverse.output_hook.HookManager 方法） enabled（tooluniverse.output_hook.HookManager 属性） enabled（tooluniverse.output_hook.OutputHook 属性） ENABrowserRESTTool（tooluniverse 中的类） EnamineTool（tooluniverse 中的类） ENAPortalTool（tooluniverse 中的类） ENCODEFilesTool()（在 tooluniverse 模块中） ENCODERESTTool（tooluniverse 中的类） ENCODESearchBiosamplesTool()（在 tooluniverse 模块中） ENCODESearchTool（tooluniverse 中的类） endpoint_template（tooluniverse.biogrid_tool.BioGRIDRESTTool 属性） enrichr_api() （tooluniverse.enrichr_tool.EnrichrTool 方法） enrichr_api() （tooluniverse.EnrichrTool 方法） EnrichrExtTool（tooluniverse 中的类） EnrichrTool（tooluniverse 中的类） EnrichrTool（tooluniverse.enrichr_tool 中的类） EnsemblArchiveTool（tooluniverse 中的类） EnsemblComparaTool（tooluniverse 中的类） EnsemblGetSequence（tooluniverse 中的类） EnsemblGetSequence（tooluniverse.ensembl_tool 中的类） EnsemblGetVariants（tooluniverse 中的类） EnsemblGetVariants（tooluniverse.ensembl_tool 中的类） EnsemblInfoTool（tooluniverse 中的类） EnsemblLDTool（tooluniverse 中的类） EnsemblLookupGene（tooluniverse 中的类） EnsemblLookupGene（tooluniverse.ensembl_tool 中的类） EnsemblMapTool（tooluniverse 中的类） EnsemblOverlapTool（tooluniverse 中的类） EnsemblPhenotypeTool（tooluniverse 中的类） EnsemblRegulationTool（tooluniverse 中的类） EnsemblRESTTool（tooluniverse 中的类） EnsemblRESTTool（tooluniverse.ensembl_tool 中的类） EnsemblSequenceTool（tooluniverse 中的类） EnsemblVariationExtTool（tooluniverse 中的类） EnsemblVEPTool（tooluniverse 中的类） EnsemblXrefsTool（tooluniverse 中的类） EOLTool（tooluniverse 中的类） EpidemiologyTool（tooluniverse 中的类） EpigenomicsTool（tooluniverse 中的类） EpiGraphDBTool（tooluniverse 中的类） EPMCAnnotationsTool（tooluniverse 中的类） error()（在 tooluniverse.logging_config 模块中） error_type（tooluniverse.exceptions.ToolError 属性） ESMFoldTool（tooluniverse 中的类） ESMTool（tooluniverse 中的类） estimate_token_usage() （tooluniverse.agentic_tool.AgenticTool 方法） estimate_token_usage() （tooluniverse.AgenticTool 方法） EuHealthDeepDiveTool（tooluniverse 中的类） EuHealthTopicSearchTool（tooluniverse 中的类） EuropePMCFullTextFetchTool（tooluniverse 中的类） EuropePMCFullTextFetchTool（tooluniverse.europe_pmc_tool 中的类） EuropePMCFullTextSnippetsTool（tooluniverse 中的类） EuropePMCFullTextSnippetsTool（tooluniverse.europe_pmc_tool 中的类） EuropePMCGuidelinesTool（tooluniverse 中的类） EuropePMCGuidelinesTool（tooluniverse.unified_guideline_tools 中的类） EuropePMCRESTTool（tooluniverse 中的类） EuropePMCRESTTool（tooluniverse.europe_pmc_tool 中的类） EuropePMCStructuredFullTextTool（tooluniverse 中的类） EuropePMCStructuredFullTextTool（tooluniverse.europe_pmc_tool 中的类） EuropePMCTool（tooluniverse 中的类） EuropePMCTool（tooluniverse.europe_pmc_tool 中的类） EuroPMCAnnotationsTool（tooluniverse 中的类） evaluate() （tooluniverse.output_hook.HookRule 方法） evaluate_function_call()（在 tooluniverse.utils 模块中） evaluate_function_call_from_toolbox()（在 tooluniverse.utils 模块中） EVETool（tooluniverse 中的类） execute_query()（在 tooluniverse.graphql_tool 模块中） execute_RESTful_query()（在 tooluniverse.restful_tool 模块中） ExecuteTool()（在 tooluniverse 模块中） ExecuteToolTool（tooluniverse 中的类） expires_at（tooluniverse.cache.result_cache_manager.CacheRecord 属性） expires_at（tooluniverse.cache.sqlite_backend.CacheEntry 属性） export_tool_names() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） export_tool_names() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） ExpressionAtlasTool（tooluniverse 中的类） extract_function_call_json() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） extract_function_call_json() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） extract_function_call_json()（在 tooluniverse.utils 模块中） extract_nested_fields()（在 tooluniverse.openfda_tool 模块中） extract_sentences_with_keywords()（在 tooluniverse.openfda_tool 模块中） F FAERS FAERSAnalyticsTool（tooluniverse 中的类） FatcatMetadataParser（tooluniverse 中的类） FatcatMetadataParser（tooluniverse.fatcat_tool 中的类） FatcatResultParser（tooluniverse 中的类） FatcatResultParser（tooluniverse.fatcat_tool 中的类） FatcatScholarTool（tooluniverse 中的类） FatcatScholarTool（tooluniverse.fatcat_tool 中的类） FDA_URL（tooluniverse.FDAPharmacogenomicBiomarkersTool 属性） FDACountAdditiveReactionsTool（tooluniverse 中的类） FDACountAdditiveReactionsTool（tooluniverse.openfda_adv_tool 中的类） FDADrugAdverseEventDetailTool（tooluniverse 中的类） FDADrugAdverseEventDetailTool（tooluniverse.openfda_adv_tool 中的类） FDADrugAdverseEventTool（tooluniverse 中的类） FDADrugAdverseEventTool（tooluniverse.openfda_adv_tool 中的类） FDADrugInteractionDetailTool（tooluniverse 中的类） FDADrugInteractionDetailTool（tooluniverse.openfda_adv_tool 中的类） FDADrugLabel()（在 tooluniverse 模块中） FDADrugLabelAggregated()（在 tooluniverse 模块中） FDADrugLabelFieldValueTool（tooluniverse 中的类） FDADrugLabelFieldValueTool（tooluniverse.openfda_tool 中的类） FDADrugLabelGetDrugGenericNameTool（tooluniverse 中的类） FDADrugLabelGetDrugGenericNameTool（tooluniverse.openfda_tool 中的类） FDADrugLabelGetDrugNamesByIndicationAggregated（tooluniverse 中的类） FDADrugLabelGetDrugNamesByIndicationAggregated（tooluniverse.openfda_tool 中的类） FDADrugLabelGetDrugNamesByIndicationStats（tooluniverse 中的类） FDADrugLabelGetDrugNamesByIndicationStats（tooluniverse.openfda_tool 中的类） FDADrugLabelSearchIDTool（tooluniverse 中的类） FDADrugLabelSearchIDTool（tooluniverse.openfda_tool 中的类） FDADrugLabelSearchTool（tooluniverse 中的类） FDADrugLabelSearchTool（tooluniverse.openfda_tool 中的类） FDADrugLabelStats()（在 tooluniverse 模块中） FDADrugLabelTool（tooluniverse 中的类） FDADrugLabelTool（tooluniverse.openfda_tool 中的类） FDAGSRSTool（tooluniverse 中的类） FDALabelTool（tooluniverse 中的类） FDAOrangeBookTool（tooluniverse 中的类） FDAPharmacogenomicBiomarkersTool（tooluniverse 中的类） FDATool（tooluniverse 中的类） FDATool（tooluniverse.openfda_tool 中的类） FederalRegisterTool（tooluniverse 中的类） fetch_docs() （tooluniverse.database_setup.search.SearchEngine 方法） fetch_docs() （tooluniverse.database_setup.SearchEngine 方法） fetch_docs() （tooluniverse.database_setup.sqlite_store.SQLiteStore 方法） fetch_docs() （tooluniverse.database_setup.SQLiteStore 方法） fetch_docs_by_ids() （tooluniverse.database_setup.sqlite_store.SQLiteStore 方法） fetch_docs_by_ids() （tooluniverse.database_setup.SQLiteStore 方法） fetch_random_docs() （tooluniverse.database_setup.search.SearchEngine 方法） fetch_random_docs() （tooluniverse.database_setup.SearchEngine 方法） fetch_random_docs() （tooluniverse.database_setup.sqlite_store.SQLiteStore 方法） fetch_random_docs() （tooluniverse.database_setup.SQLiteStore 方法） FileDownloadTool（tooluniverse 中的类） FileSaveHook（tooluniverse.output_hook 中的类） fill_defaults()（在 tooluniverse.profile 模块中） fill_defaults()（在 tooluniverse.profile.validator 模块中） filter_tool_lists() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） filter_tool_lists() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） filter_tools() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） filter_tools() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） FilteringHook（tooluniverse.extended_hooks 中的类） find_tools() （tooluniverse.tool_finder_embedding.ToolFinderEmbedding 方法） find_tools() （tooluniverse.tool_finder_keyword.ToolFinderKeyword 方法） find_tools() （tooluniverse.tool_finder_llm.ToolFinderLLM 方法） find_tools() （tooluniverse.ToolFinderEmbedding 方法） find_tools() （tooluniverse.ToolFinderKeyword 方法） find_tools() （tooluniverse.ToolFinderLLM 方法） find_tools_by_pattern() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） find_tools_by_pattern() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） find_tools_legacy() （tooluniverse.tool_finder_llm.ToolFinderLLM 方法） find_tools_legacy() （tooluniverse.ToolFinderLLM 方法） find_tools_llm() （tooluniverse.tool_finder_llm.ToolFinderLLM 方法） find_tools_llm() （tooluniverse.ToolFinderLLM 方法） Fingerprint FinnGenTool（tooluniverse 中的类） flush() （tooluniverse.cache.result_cache_manager.ResultCacheManager 方法） focus_areas（tooluniverse.output_hook.SummarizationHook 属性） focus_areas（tooluniverse.output_hook.SummarizationHookConfig 属性） FoldseekTool（tooluniverse 中的类） FoodDataCentralTool（tooluniverse 中的类） FORBIDDEN_AST_NODES（tooluniverse.BasePythonExecutor 属性） force_full_discovery() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） force_full_discovery() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） format() （tooluniverse.logging_config.ToolUniverseFormatter 方法） format_api_response()（在 tooluniverse.utils 模块中） format_error_response()（在 tooluniverse.utils 模块中） format_health_answer()（tooluniverse.WHOGHORESTTool 静态方法） format_result() （tooluniverse.ProteinsPlusRESTTool 方法） format_result() （tooluniverse.SwissDockTool 方法） FormattingHook（tooluniverse.extended_hooks 中的类） FourDNTool（tooluniverse 中的类） from_tooluniverse()（tooluniverse.ToolUniverseTool 类方法） function_name（tooluniverse.execute_function._BatchJob 属性） G GBIFOccurrenceTool（tooluniverse 中的类） GBIFTool（tooluniverse 中的类） GDCCasesTool（tooluniverse 中的类） GDCClinicalDataTool（tooluniverse 中的类） GDCCNVTool（tooluniverse 中的类） GDCFilesTool（tooluniverse 中的类） GDCGeneExpressionTool（tooluniverse 中的类） GDCMutationFrequencyTool（tooluniverse 中的类） GDCProjectsTool（tooluniverse 中的类） GDCSSMTool（tooluniverse 中的类） GDCSurvivalTool（tooluniverse 中的类） GeminiClient（tooluniverse.llm_clients 中的类） GenCCTool（tooluniverse 中的类） GeneOntologyTool（tooluniverse 中的类） GeneOntologyTool（tooluniverse.gene_ontology_tool 中的类） generate_env_template() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） generate_env_template() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） generate_init()（在 tooluniverse.generate_tools 模块中） generate_proxy_tool_configs() （tooluniverse.mcp_client_tool.MCPAutoLoaderTool 方法） generate_proxy_tool_configs() （tooluniverse.MCPAutoLoaderTool 方法） generate_tool_file()（在 tooluniverse.generate_tools 模块中） GenomeNexusTool（tooluniverse 中的类） GEOGetDatasetInfo（tooluniverse 中的类） GEOGetDatasetInfo（tooluniverse.geo_tool 中的类） GEOGetSampleInfo（tooluniverse 中的类） GEOGetSampleInfo（tooluniverse.geo_tool 中的类） GEORESTTool（tooluniverse 中的类） GEORESTTool（tooluniverse.geo_tool 中的类） GEOSearchDatasets（tooluniverse 中的类） GEOSearchDatasets（tooluniverse.geo_tool 中的类） get() （tooluniverse.cache.memory_cache.LRUCache 方法） get() （tooluniverse.cache.result_cache_manager.ResultCacheManager 方法） get() （tooluniverse.cache.sqlite_backend.PersistentCache 方法） get_availability_status() （tooluniverse.agentic_tool.AgenticTool 方法） get_availability_status() （tooluniverse.AgenticTool 方法） get_available_tools() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） get_available_tools() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） get_batch_concurrency_limit() （tooluniverse.base_tool.BaseTool 方法） get_batch_concurrency_limit() （tooluniverse.BaseTool 方法） get_by_path() （tooluniverse.uspto_tool.USPTOOpenDataPortalTool 方法） get_by_path() （tooluniverse.USPTOOpenDataPortalTool 方法） get_cache_key() （tooluniverse.base_tool.BaseTool 方法） get_cache_key() （tooluniverse.BaseTool 方法） get_cache_namespace() （tooluniverse.base_tool.BaseTool 方法） get_cache_namespace() （tooluniverse.BaseTool 方法） get_cache_stats() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） get_cache_stats() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） get_cache_ttl() （tooluniverse.base_tool.BaseTool 方法） get_cache_ttl() （tooluniverse.BaseTool 方法） get_cache_version() （tooluniverse.base_tool.BaseTool 方法） get_cache_version() （tooluniverse.BaseTool 方法） get_changed_tools()（在 tooluniverse.build_optimizer 模块中） 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remote_info（tooluniverse.RemoteTool 属性） RemoteTool（tooluniverse 中的类） RemoteTool（tooluniverse.remote_tool 中的类） remove_keys() （tooluniverse.execute_function.ToolUniverse 方法） remove_keys() （tooluniverse.ToolUniverse 方法） remove_none_and_empty_values()（在 tooluniverse.graphql_tool 模块中） repository（tooluniverse.OntologyInfo 属性） required（tooluniverse.biogrid_tool.BioGRIDRESTTool 属性） reset_plugin_discovery()（在 tooluniverse.tool_registry 模块中） reset_server() （tooluniverse.ToolUniverseClient 方法） resolve_db_path()（在 tooluniverse.database_setup.cli 模块中） resolve_model()（在 tooluniverse.database_setup.provider_resolver 模块中） resolve_provider()（在 tooluniverse.database_setup.provider_resolver 模块中） resolve_provider_model()（在 tooluniverse.database_setup.cli 模块中） resolve_to_local_dir() （tooluniverse.profile.loader.ProfileLoader 方法） resolve_to_local_dir() （tooluniverse.profile.ProfileLoader 方法） resolve_to_local_dir() （tooluniverse.ProfileLoader 方法） RESTfulTool（tooluniverse 中的类） 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tooluniverse.tools.ArgumentDescriptionOptimizer module tooluniverse.tools.ArXiv_search_papers module tooluniverse.tools.BiomarkerDiscoveryWorkflow module tooluniverse.tools.CallAgent module tooluniverse.tools.ChEMBL_search_similar_molecules module tooluniverse.tools.CMA_Guidelines_Search module tooluniverse.tools.CORE_search_papers module tooluniverse.unified_guideline_tools module tooluniverse.uniprot_tool module tooluniverse.unpaywall_tool module tooluniverse.url_tool module tooluniverse.uspto_tool module tooluniverse.utils module tooluniverse.visualization_tool module tooluniverse.wikidata_sparql_tool module tooluniverse.xml_tool module tooluniverse.zenodo_tool module ToolUniverseClient（tooluniverse 中的类） ToolUniverseFormatter（tooluniverse.logging_config 中的类） ToolUniverseLogger（tooluniverse.logging_config 中的类） ToolUniversePageTool（tooluniverse 中的类） ToolUniverseTool（tooluniverse 中的类） ToolUniverse（tooluniverse 中的类） ToolUniverse（tooluniverse.execute_function 中的类） 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UnpaywallTool（tooluniverse.unpaywall_tool 中的类） update_session_context() （tooluniverse.memory_manager.MemoryManager 方法） upload()（在 tooluniverse.database_setup 模块中） upsert_collection() （tooluniverse.database_setup.sqlite_store.SQLiteStore 方法） upsert_collection() （tooluniverse.database_setup.SQLiteStore 方法） URLHTMLTagTool（tooluniverse 中的类） URLHTMLTagTool（tooluniverse.url_tool 中的类） URLToPDFTextTool（tooluniverse 中的类） URLToPDFTextTool（tooluniverse.url_tool 中的类） UsageTipsTool（tooluniverse 中的类） USPTOOpenDataPortalTool（tooluniverse 中的类） USPTOOpenDataPortalTool（tooluniverse.uspto_tool 中的类） V VALID_METHODS（tooluniverse.APPRISTool 属性） validate() （tooluniverse.output_hook.SummarizationHookConfig 方法） validate_configuration() （tooluniverse.agentic_tool.AgenticTool 方法） validate_configuration() （tooluniverse.AgenticTool 方法） validate_enum_arguments() （tooluniverse.FDADrugAdverseEventDetailTool 方法） validate_enum_arguments() （tooluniverse.FDADrugAdverseEventTool 方法） validate_enum_arguments() 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