tooluniverse.gene_ontology_tool 模块

class tooluniverse.gene_ontology_tool.GeneOntologyTool[源代码]

基类:BaseTool

一个通用工具,用于调用基因本体论(Gene Ontology,GO)API。通过字典配置,定义具体的API端点。

__init__(tool_config)[源代码]

使用配置初始化该工具。

参数:

tool_config (Dict) – 包含带有“endpoint”的“fields”的字典。

run(arguments=None)[源代码]

执行API调用并返回数据。

参数:

arguments (Dict[str, Any]) – API 调用参数。

退货

Any: The JSON data from the API or an error dictionary.

search_terms(query)[源代码]
get_term_details(id)[源代码]
get_genes_for_term(id, taxon=None, rows=None)[源代码]
get_terms_for_gene(id)[源代码]