tooluniverse.pubtator_tool 模块

class tooluniverse.pubtator_tool.PubTatorTool

基类：BaseTool

针对单个 PubTator 3 端点的通用包装器，支持基于 JSON 定义的配置。

__init__(tool_config)

run(arguments)

执行该工具。

默认的 BaseTool 实现接受一个可选的参数映射，以符合大多数具体工具实现所期望的输入字典。

参数:

• arguments (dict, optional) – 工具专用参数

• stream_callback (callable, optional) – 用于流式响应的回调

• use_cache (bool, optional) – 是否启用了结果缓存

• validate (bool, optional) – 是否已执行参数验证

备注

这些附加参数（stream_callback、use_cache、validate）由 run_one_function() 传递，用于提供有关执行的上下文。工具可以利用这些参数进行优化或特殊处理。

为了向后兼容，不接受这些参数的工具仍然可以正常运行——它们只会接收到 arguments 参数。

_compose_url(args)

替换模板变量并构建完整的 URL。

_query_params(args)

将调用者参数名转换为API参数名，去除None值，序列化列表。

_filter_search_results(result)

通过分数阈值筛选 PubTatorSearch 结果，并移除仅包含“name”、“type”和“value”的分类项。