tooluniverse.ensembl_tool 模块

Ensembl REST API Tool

This tool provides access to the Ensembl genome browser database for gene lookup, sequence retrieval, variant information, homology data, and more.

class tooluniverse.ensembl_tool.EnsemblRESTTool

基类：BaseTool

Generic Ensembl REST API tool. Handles all Ensembl endpoints based on endpoint template in JSON config. Supports path parameters (e.g., {species}, {id}) and query parameters.

__init__(tool_config)

run(arguments)

执行该工具。

默认的 BaseTool 实现接受一个可选的参数映射，以便与大多数具体工具实现保持一致，这些实现通常需要一个输入字典。

参数:

• arguments (dict, optional) – 工具专用参数

• stream_callback (callable, optional) – 用于流式响应的回调

• use_cache (bool, optional) – 是否启用了结果缓存

• validate (bool, optional) – 是否已执行参数验证

备注

这些附加参数（stream_callback、use_cache、validate）由 run_one_function() 传递，用于提供有关执行的上下文。工具可以利用这些参数进行优化或特殊处理。

为了向后兼容，不接受这些参数的工具仍然可以正常工作——它们将仅接收 arguments 参数。

class tooluniverse.ensembl_tool.EnsemblLookupGene

基类：EnsemblRESTTool

Legacy: Lookup gene information by ID or symbol. Use EnsemblRESTTool with endpoint=’/lookup/id/{id}’ instead.

__init__(tool_config)

class tooluniverse.ensembl_tool.EnsemblGetSequence

基类：EnsemblRESTTool

Legacy: Get DNA or protein sequences. Use EnsemblRESTTool with endpoint=’/sequence/id/{id}’ instead.

__init__(tool_config)

class tooluniverse.ensembl_tool.EnsemblGetVariants

基类：EnsemblRESTTool

Legacy: Get variant information. Use EnsemblRESTTool with endpoint=’/overlap/region/{species}/{region}’ instead.

__init__(tool_config)