tooluniverse.efo_tool 模块

class tooluniverse.efo_tool.EFOTool

基类：BaseTool

通过 EMBL-EBI OLS API 查询疾病的实验因子本体（EFO）ID 工具。

__init__(tool_config, base_url='https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/search')

run(arguments)

执行该工具。

默认的 BaseTool 实现接受一个可选的参数映射，以与大多数具体工具实现保持一致，这些实现通常期望输入为字典形式。

参数:

• arguments (dict, optional) – 工具专用参数

• stream_callback (callable, optional) – 用于流式响应的回调

• use_cache (bool, optional) – 是否启用了结果缓存

• validate (bool, optional) – 是否已执行参数验证

备注

这些附加参数（stream_callback、use_cache、validate）由 run_one_function() 传递，用于提供有关执行的上下文。工具可以利用这些参数进行优化或特殊处理。

为了向后兼容，不接受这些参数的工具仍然可以正常工作——它们只会接收到 arguments 参数。

_search(disease, rows)

class tooluniverse.efo_tool.OLSRESTTool

基类：BaseTool

Generic tool for the EMBL-EBI OLS v4 REST API.

This is a JSON-config driven tool. Each tool config supplies: - fields.kind: “search” | “term” | “children” | “ontology” | “ontologies” - fields.base_url: optional override (defaults to OLS4 API root) - fields.ontology_id: optional ontology scope (e.g., “efo”)

DEFAULT_BASE_URL = 'https://www.ebi.ac.uk/ols4/api'

static _double_urlencode(value)

static _obo_id_to_efo_iri(obo_id)

_resolve_term_iri(*, iri=None, obo_id=None)

run(arguments)

执行该工具。

默认的 BaseTool 实现接受一个可选的参数映射，以与大多数具体工具实现保持一致，这些实现通常期望输入为字典形式。

参数:

• arguments (dict, optional) – 工具专用参数

• stream_callback (callable, optional) – 用于流式响应的回调

• use_cache (bool, optional) – 是否启用了结果缓存

• validate (bool, optional) – 是否已执行参数验证

备注

这些附加参数（stream_callback、use_cache、validate）由 run_one_function() 传递，用于提供有关执行的上下文。工具可以利用这些参数进行优化或特殊处理。

为了向后兼容，不接受这些参数的工具仍然可以正常工作——它们只会接收到 arguments 参数。

_cached_version_hash: str | None