tooluniverse.boltz_tool 模块

class tooluniverse.boltz_tool.Boltz2DockingTool

基类：BaseTool

用于蛋白质-配体对接及亲和力预测的工具，基于本地 Boltz-2 模型。该工具构建 YAML 输入文件，执行 boltz predict 命令，并解析输出以返回预测的结构和亲和力。

__init__(tool_config)

初始化 BoltzDockingTool。检查系统 PATH 中是否存在“boltz”命令。

run(arguments=None, timeout=1200)

执行Boltz预测。

参数:

• arguments (dict) – 包含必要输入的字典。 - protein_sequence (str)：蛋白质的氨基酸序列。 - ligands (list[dict])：配体列表，每个配体包含 ‘smiles’ 或 ‘ccd’ 键。 - constraints (list[dict], 可选)：共价键或其他约束条件。 - templates (list[dict], 可选)：结构模板。 - 其他可选的 boltz CLI 标志（例如，’recycling_steps’）。

• timeout (int) – 等待 Boltz 命令完成的最长时间（秒）。

返回值

dict: A dictionary containing the path to the predicted structure and affinity data, or an error.